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建鲤自1996年选育成功，到目前在各地区广泛养殖已经有20多年，虽然建鲤遗传性状比较稳定，但在大规模推广养殖和育种过程中，由于各地区保种、选育水平的差异，难免出现种质退化的现象，如生长减慢、规格整齐度差、起捕率低等问题。为了保持和提高建鲤优良的经济性状和遗传稳定性，从2009年起，中国水产科学研究院淡水渔业研究中心应用分子标记技术，结合传统选育方法，对建鲤进行继续选育。