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中国科学院沈阳应用生态研究所的前身是中国科学院林业土壤研究所，成立于1954年，由东北林业研究所筹备处、东北土壤研究所筹备处、中国科学院长春综合研究所农产化学研究室土壤微生物部合并组成，是以林业、土壤、植物、微生物与环境科学为基础的生物学、地学研究所，1987年更改为现名，设有森林生态与林业生态工程研究中心、土壤生态与农业生态工程研究中心、污染生态与环境生态工程研究中心等3个研究单元；