肺癌消减杂交文库中共同基因的生物信息学分析及验证

来源 :中国生物化学与分子生物学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kamael1234567890
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抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术因操作简单、筛选效率高、假阳性率低等优点,被广泛用于生物与医学领域.该文拟找出用SSH所建立的10个肺癌差异表达基因文库中重复出现的基因,结果显示,其中6个正向杂交文库中,出现2次的基因有41个,出现3次的基因有4个;其中4个反向杂交文库中,出现2次的基因有6个.进一步用生物信息学分析发现,这些重复出现的差异表达基因参与了多种细胞功能,如基因转录、蛋白翻译、细胞粘附、DNA修复、氧化还原反应等,并涉及多条信号通路.值得注意的是,在这些差异表达基因中,核糖体蛋白相关基因占比最多.然后,用实时定量PCR检测文库中的TIMP3、GPX3、HSP90B1、CD9等基因的表达,结果显示,SSH文库中差异表达基因的上调和下调趋势具有较好的特异性.该研究为发现肺癌相关基因提供有价值的线索. Suppression subtractive hybridization (SSH) technique is widely used in biology and medicine because of its advantages of simple operation, high screening efficiency and low false-positive rate.This paper intends to find out the ten lung cancer differences established by SSH The results showed that among the 6 positive hybridization libraries, there were 41 genes appeared twice and 4 genes appeared 3 times. Among 4 reverse hybridization libraries, 2 Followed by the gene 6. Further bioinformatics analysis found that these repeated expression of differentially expressed genes involved in a variety of cellular functions such as gene transcription, protein translation, cell adhesion, DNA repair, redox reaction, and involves It is noteworthy that among these differentially expressed genes, ribosomal protein-related genes accounted for the largest proportion.Then, the expression of TIMP3, GPX3, HSP90B1, CD9 and other genes in the library was detected by real-time quantitative PCR and the results showed , And the up-regulation and down-regulation of differentially expressed genes in the SSH library have good specificity.This study provides valuable clues for the discovery of lung cancer-related genes.
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