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斗鸡是我国珍贵的家禽品种资源，在我国有较长的驯养历史，主要用于娱乐和观赏。斗鸡在历史的选育过程中就与蛋鸡、肉鸡品种有较大分化，在地方鸡种中独树一帜。长期以来，由于我国斗鸡运动衰落、斗鸡在民间混养及缺乏应有的育种与保种措施，现一些品种已经退化，有的品种甚至濒于灭绝。在目前世界范围的畜禽品种资源日益减少的背景下，深入地对中国斗鸡品种资源的种质特性及其起源分化进行研究，不仅可以阐明中国斗鸡的起源与进化，还可以进一步阐明世界家鸡的起源问题：同时，也为中国斗鸡遗传资源的保存和选育利用提供依据。
本研究共测定了中国3个斗鸡品种线粒体全序列，结合已发表肉鸡、蛋鸡、藏鸡、红原鸡的线粒体全序列，共得到8条序列。本文通过对这些序列的分析，对中国三种斗鸡的线粒体基因组结构、特点，斗鸡与肉鸡、蛋鸡、藏鸡的线粒体基因组的遗传差异，系统发育关系等方面进行了研究。得出以下结果：
1．测定中国三种斗鸡线粒体全序列，河南斗鸡、版纳斗鸡、吐鲁番斗鸡mtDNA总长度分别为16785 bp、16784 bp、16784bp。
2．用DnaSP4.0软件对比分析斗鸡、肉鸡、蛋鸡、藏鸡线粒体全序列得出核苷酸多样度为：0.00208。以参考序列为标准，共发生了128个碱基突变，其中有17个碱基的插入，3个碱基缺失，单一突变位点75个，简约信息位点33个，其中转换104个，颠换4个，转换/颠换的比值R位34.6，转换明显高于颠换。蛋白质编码区共发生70个氨基酸突变，其中52个同义突变，18个错义突变。
3．从构建的系统发育树来看，所得的结果是一致的且各支的支持率都较高。6棵系统发育树主要分为两支：一支为河南斗鸡；一支包括红原鸡亚种、版纳斗鸡、吐鲁番斗鸡、藏鸡、白洛克鸡、来航鸡(蛋鸡品系)、来航鸡(非蛋鸡品系)，该支又分为两支：一支包括红原鸡亚种、版纳斗鸡、吐鲁番斗鸡；另一支包括藏鸡、白洛克鸡、来航鸡(蛋鸡品系)、来航鸡(非蛋鸡品系)。
4．从序列比对分析结果来看，在ND3的174位点上有胞苷酸(C)在翻译过程中是不表达的，而是通过RNA自我剪切来恢复基因的功能，从而避免了移码突变导致的ND3基因转译提前终止。
可见，斗鸡与斗鸡之间及斗鸡与肉鸡、蛋鸡、藏鸡之间线粒体基因组存在一定的差异；产生了遗传分化。本研究揭示了斗鸡的起源分化地位，进一步证明了家鸡起源于红色原鸡的观点。从母系遗传的角度来说，斗鸡就有一定的种质特性，与肉鸡、藏鸡、蛋鸡线粒体之间存在遗传分化。