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本研究应用RACE技术,首次克隆了鸭TLR4基因的cDNA全长,并利用生物信息学方法对该基因进行了序列分析和蛋白结构功能预测；通过对供试鸭群在TLR4基因第三外显子片段上的多态位点检测,分析了该基因多态性对鸭免疫器官指数和细胞因子水平的影响。研究结果如下：一、鸭TLR4基因cDNA序列全长3432bp,包括223bp5’非编码区、2532bp编码区和677bp的3’非编码区,共编码843个氨基酸。对该基因功能进行预测和推断发现,其mRNA二级结构总自由能为-737.3kcal/mol,较为稳定；氨基酸序列分子量为96013.3Da,等电点为6.83；信号肽序列为第1～28个氨基酸,可能存在LRR、LRRCT、TIR和跨膜结构,并可能存在多个磷酸化位点。该蛋白与鸡的同源性最高,同源率达到82.1%。二、对供试鸭群的TLR4基因第三外显子片段进行多态性分析,发现了10个SNPs位点。在各位点存在不同的等位基因,形成不同基因型。各位点的优势基因分别为A、C、E、H、X、R、P、M、K、I,而优势基因型分别为AA、CC、EE、HH、XY、RR、 PP、MM、KK和Ⅱ。鸭TLR4基因多态性与品种有关。三、鸭群体在多态位点上均符合Hardy-Weinberg平衡。多态信息含量分析发现,供试群体在SNP349、SNP433、SNP681、SNP699位点为低度多态,而在SNP141、 SNP398、SNP661、SNP1563、SNP1582、SNP1773位点为中度多态,表明在这些位点上遗传变异较大,为利用该位点与性状关联标记提供了可能性。四、对供试鸭群的免疫性状测定发现,不同鸭种间免疫器官指数差异显著或极显著,体现了品种在免疫器官指数上存在差异性,而在免疫细胞因子水平上品种差异不显著。五、最小二乘分析和显著性检验表明：在7个多态位点上,不同基因型与免疫器官指数间差异显著或极显著,提示不同基因型与免疫器官指数存在关联性；各位点的基因型与IFN-γ因子水平差异不显著；在SNP141、SNP398和SNP661位点上,基因型与IL-2因子水平差异显著,表明基因型与IL-2因子水平有关联。推测TLR4基因可能对鸭免疫器官和免疫细胞因子性状具有很大影响或与控制这两性状的主效基因相连锁,可考虑将TLR4基因作为影响鸭免疫性状的候选基因。