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中国是世界养猪大国,更是猪肉消费大国。据农业农村部公布的监测数据,2017年我国生猪存栏量为43325万头,出栏商品猪68861万头;2017年猪肉消费量5456.55万吨,人均猪肉消费量达39.76千克,占人均肉类消费结构的60%以上。所以,养猪业是我国农业中的重要产业,对保障肉食品安全供应有重要作用,是关系国计民生的大事,同时也是农村经济来源的重要组成部分。可感染猪的寄生虫种类繁多,在养猪生产中猪感染寄生虫十分普遍,给养猪业造成严重的经济损失。有些寄生虫还可以感染人体,对人类健康和生命安全产生很大威胁。中国种猪资源丰富,有很多优质地方猪种,如藏猪、豫南黑猪、民猪、太湖猪等。此外,为了满足不同人群的消费需求,还引进多个外来品种,如长白猪、杜洛克猪、约克夏猪等。因地域条件因素,中国多种养猪模式并存,有原始放牧模式、养殖场散养模式、公司集约化养殖模式等。在不同饲养模式下、不同地理区域、不同品种猪的寄生虫感染与流行有何不同,为此本文在西藏林芝米林县、工布江达县和河南三门峡、开封市等4个地区,对不同饲养模式条件下3个品种猪(藏香猪、豫南黑猪、长白猪)的肠道寄生虫感染情况进行调查,对猪隐孢子虫虫种和毕氏肠微孢子虫基因型进行鉴定,以及人兽共患风险和种系进化关系进行分析,为该地区制定猪寄生虫病的防控策略奠定理论基础,为保障公共卫生与健康提供科学依据,同时也丰富猪寄生虫病的流行病学资料。1河南省和西藏林芝地区猪肠道寄生虫感染情况调查采集了河南省(开封长白猪229份和三门峡豫南黑猪246份)和西藏林芝地区(工布江达县藏香猪225份和米林县藏香猪490份)4个区域的1190份新鲜猪粪便样本,采用卢戈氏碘液法和饱和蔗糖溶液漂浮法对粪便样品进行寄生虫检查,共检出5种寄生虫:猪蛔虫(Ascaris suis)、食道口线虫(Oesophagostomum ssp)、猪毛尾线虫(Trichuris suis)、猪等孢球虫(Isosp ora suis)和阿米巴原虫(Amoeba protozoa),感染率分别为15.71%、11.17%、1.09%、19.07%和26.72%。总的猪肠道寄生虫感染率为51.59%(614/1190)。西藏林芝地区的感染率为64.34%,河南地区的感染率为32.42%。自然放牧养殖模式寄生虫感染率为90.10%,分别高于散养模式(60.10%)、集约化养殖模式(37.99%)和阶段放养模式(28.86%)的猪。藏香猪、豫南黑猪和长白猪的寄生虫感染率分别为64.34%、27.23%和37.99%。感染的优势虫种,在自然放牧模式和集约化养殖模式均为猪等孢球虫和阿米巴原虫,在散养模式为阿米巴原虫和猪蛔虫,在阶段放养模式为猪等孢球虫和食道口线虫。自然放牧和散养猪均可发生2~4种寄生虫的混合感染,而集约化养殖和阶段放养猪未发现3种及以上寄生虫的混合感染。结论:猪肠道寄生虫的感染及感染的优势虫种与猪饲养模式、猪品种和地理区域有直接关系。2河南省和西藏林芝地区猪隐孢子虫的分子流行病学研究隐孢子虫体积微小,卵囊呈圆形或椭圆形,直径4~6 μm。因显微镜检测方法的准确率较低,故采用分子检测方法,提取1190份新鲜猪粪便样品的DNA,PCR扩增隐孢子虫(Cryptosporidium)SSU rRNA基因并进行序列分析,结果发现23份样品呈Cryptospoidium阳性,总感染率为1.93%(23/1190)。长白猪隐孢子虫感染率为8.30%(19/229),明显高于地方品种藏香猪0.42%(3/715)和豫南黑猪0.41%(1/246);保育阶段仔猪(1~2月龄)隐孢子虫感染率为4.36%(21/482),明显高于哺乳阶段(<1月龄,0.21%,1/467)和育肥阶段(>2月龄,0.41%,1/241)的猪(P<0.01);集约化养猪模式隐孢子虫感染率为8.30%(19/229),明显高于自然放牧(0%,0/101)、散养(0.49%,3/614)和阶段放养(0.41%,1/246)等饲养模式的猪;河南省猪隐孢子虫的感染率为4.21%,高于西藏地区的猪(0.42%)(P<0.01)。在1头哺乳仔猪(<1月龄)和1 1头保育仔猪(1~2月龄)的粪便样品中检测到C.suis,在10头保育仔猪(1~2月龄)和1头育肥猪(>2月龄)检测到C.scrofarum。分离到的12个C.suis(52.17%,12/23)和11个C.scrofarum均为种类单独感染(47.83%,11/23),无混合交叉感染。结论:猪隐孢子的感染及感染的种类与猪品种、饲养模式、日龄(或饲养阶段)及所在地理区域有直接关系,C.suis主要感染2月龄以下仔猪,C.scrofarum主要感染2月龄及以上的大猪。3河南省和西藏林芝地区猪毕氏肠微孢子虫的分子流行病学研究毕氏肠微孢子虫同隐孢子虫一样是一类个体微小的人兽共患肠道寄生原虫,因显微镜检测方法准确率低,实验室常采用分子检测方法。提取1190份新鲜猪粪便样品的DNA,PCR扩增毕氏肠微孢子虫(Entercorytozoon bieneusi)ITS基因,并对MS1、MS3、MS4和MS7位点进行多位点序列分析。结果发现猪E.bieneusi的总感染率为54.2%(645/1190)。在西藏工布江达县猪的感染率为41.3%(93/225),西藏米林县为44.1%(216/490),河南三门峡地区75.6%(186/246),河南省开封地区65.5%(150/229)。西藏藏猪感染率为43.2%(309/715),豫南黑猪感染率75.6%(186/246),长白猪感染率65.5%(150/229)。自然放牧模式感染率为13.9%(14/101),养殖场模式感染率为57.9%(631/1089),两者之间有显著差异(P<0.01)。60日龄以上的感染率为94.6%(228/241),30~60日龄的感染率为64.3%(310/482),30日龄以下的感染率为44.3%(207/467),三者间差异显著(P<0.01)。将获得的序列校准比对后共发现10种E.bieneusi基因型,其中8个为已报道的基因型(EbpC,EbpA,CHG19,CHC5,Henan-Ⅲ,I,D和H),2个为新基因型(XZP-Ⅰ和XZP-Ⅱ)。基于对小卫星/微卫星位点MS1、MS3、MS4和MS7上进行多位点序列分型,分别获得18、7、16和13个基因型。通过强连锁不平衡(LD)和重组事件分析,显示本研究检测到的猪E.bieneusi种群为克隆性群体结构。群体间成对遗传距离(FST)和基因流(Nm)均较低,表明来自不同寄主的E.bieneusi群体的基因流动有限,系统发育分析、基因结构分析和遗传网络分析结果均显示存在寄主适应性和地理隔离。结论:猪E.bieneusi的感染与猪饲养模式、日龄有直接关系,猪E.bieneusi不同基因型的分布具有广泛流行性、宿主适应性、地理区域隔离性和人兽共患潜力的存在。