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老芒麦(E.sibiricus)是禾本科(Poaceae)小麦族(Triticeae)披碱草属(Elymus)的多年生优质牧草，老芒麦是欧亚大陆北部的广布种。我国野生老芒麦资源丰富，主要分布于北部省区。在青藏高原高寒区，老芒麦作为高产、适应性强、抗逆的优良牧草，在生产上广泛种植。本研究试图开发大量的老芒麦SSR分子标记，为老芒麦种质资源的发掘利用、遗传连锁图谱的构建、高效抗逆基因的定位、分子标记辅助育种等研究奠定基础。
本研究利用小麦族(大麦和小麦)SSR引物转移筛选法和FIASCO法共获得165对有效SSR引物，进一步在老芒麦中进行多态性筛选，共获得32对多态性SSR引物，并利用这些开发所得的老芒麦SSR引物进行初步的应用探索。
1.从小麦族中共转移得到具有通用性较好的有效扩增SSR引物共130对。其中，从84对源于大麦和63对源于小麦的SSR引物中分别为筛选出73对和57对有效扩增SSR引物，在老芒麦中的转移率分别为86.9％和90.48%。进一步多态性筛选共获得15对多态性引物，源于小麦和大麦SSR多态性引物分别为4对和11对，其多态性比率分别为7.02%、15.07%。结果表明，源于小麦和大麦的SSR引物在老麦芒中的通用性较高，筛选出的多态性引物可作为老芒麦的分子标记；利用物种间通用性进行SSR引物转移是一种可行的老芒麦SSR引物开发方法，但依据通用性转移所得的SSR引物的多态性相对较低。
2.用FIASCO法构建了老芒麦的基因组SSR富集文库，从中选取阳性克隆180个进行测序，有效测序结果168个，其中共有50个克隆中含有重复次数大于或者等于10的SSR序列，其有效克隆率仅29.76%。通过序列分析发现，在获得的50条序列中共含有88个SSR片段，平均每个克隆含有1.76个，一般为1～2个，1个克隆最多包含8个SSR片段。88个SSR片段中，(AG/CT)n SSR有74个，占84.08%；(AC/GT)n11个，占12.5%；(CTT)n2个，占2.28%；(GC)n1个，占1.14%。(AG/CT)n的重复数主要集中在12～25，最高重复数63。用Primer Premier5.0设计出35对SSR引物，具有多态性的SSR引物17对，多态性比率达60.71%。实验结果表明，FIASCO法是一种优良的SSR分离方法，但仍亟待进一步改进以提高SSR的分离效率。
3.因生态适应性变异，在垂穗披碱草(E.nutans)和老芒麦(E.sibiricus)野生种质资源鉴定中，二者常易混淆。为了区别鉴定垂穗披碱草和老芒麦，本研究在细胞学鉴定的基础上，利用不同来源的老芒麦和垂穗披碱草种质材料对32对开发的老芒麦SSR引物对进行多态性筛选。结果表明，筛选出源自小麦的EST-SSR引物Xcwem38c在垂穗披碱草中的多态性标记可以有效区分垂穗披碱草和老芒麦。SSR分子标记技术解决了用形态学的和细胞学鉴定的困难，准确地快速地鉴别垂穗披碱草和老芒麦。
4.为了鉴别同德老芒麦和多叶老芒麦的杂交种的真实性，本研究从32对开发的老芒麦多态性SSR引物中筛选出3对SSR引物GBM1405、GBM1176、GST25，其在亲本间表现多态性并且在杂种一代(F1)中表现共显性。结果表明，SSR引物GBM1405、GBM1176、GST25都可鉴定出8株F1代均为同德老芒麦和多叶老芒麦的真杂种。