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改革开放以来，由于本专科、研究生的扩招、高校的新一轮合并与扩张、公共财政体制的改革、新的财务管理制度的颁布，高校的内外部环境发生了极大变化，这一切都对高校财务管理提出了新的要求。
高校二级学院是高校内部下属的二级非独立法人机构，其从属于高校，学校对其掌握有绝对的控制权。二级学院自身只能行使学校赋予的教学、科研、财务、人事等方面的权力，不能对外进行任何需以法人名义进行的活动。二级学院财务管理是高校财务管理的重要组成部分，近年来由于高校逐步下方财权，二级学院自己可支配的资金和资源逐年上升，各种收入和开支项目不断扩大，但是二级学院的财务管理水平却没有得到相应的提升，出现了预算管理不科学、内部控制不完善、监督机制不到位和评价机制不健全等一系列的问题，以上种种弊端日渐成为制约高校进一步发展的突出问题。高校二级学院财务管理的好坏对学校的财务管理有着直接的影响，因此，研究高校二级学院财务管理问题十分必要。
本论文以科学的管理理论、绩效管理理论、经济学理论为基础，以比较成熟的企业管理和绩效激励为借鉴，对高校二级学院财务管理开展实证研究。论文首先介绍了高校财务管理面临的宏观背景及微观环境，综述了国内外高校财务管理的现状以及我国高校二级财务管理的现状。在此基础上，以高校财务管理的相关管理理论、法律法规为依据，运用了文献研究、比较研究和案例分析等研究方法，在提出问题的基础上，分析产生问题的根源，然后有针对性地对二级学院财务管理方面的问题提出了完善二级预算管理体系、健全二级学院内部控制制度、加强创收管理、强化监督和审计制度和建立绩效评价机制等解决策略。实践证明，研究高校二级学院财务管理有利于促进高校二级学院财务管理的健康发展，有利于保障高校财务工作合理地开展，有利于进一步为高等学校决策提供依据。