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近年来乙型肝炎病毒基因分型被广泛应用于HBV的基础研究、分子流行病学和临床诊治。HBV不同基因型间的核苷酸差异可被用来追踪HBV的传播路径，鉴定传染源，确定传播关系及发病机制；研究表明乙型肝炎病人的病程，对干扰素治疗的反应以及肝硬化的进程与病人所感染HBV的基因型有关，因此HBV基因分型已成为流行病学研究的一种重要工具，日益受到广泛重视。目前，乙肝的研究工作中对我国藏族居民HBV基因型分布特点的了解很少，因此有必要开展这方面的工作。
本研究利用序列分析和系统发生树分析方法初步确定我国藏族居民中HBV的基因型和血清亚型，以及基因变异的基本情况。采集西藏和青海未经乙肝疫苗免疫的藏族居民HBsAg阳性血清，通过核酸提取和PCR扩增，获得其HBVS和C基因序列。将样本HBVS基因和C基因测序结果与GenBank中的HBV参考株进行核苷酸同源性比对分析，以及系统发生树分析，初步确定我国藏族居民乙型肝炎病毒基因型多数为C/D杂交型(93/99)，少数为C型(6/99)。利用S基因序列推导出的氨基酸序列，证明我国藏族居民乙型肝炎病毒感染的血清亚型多数为ayw2型(93/99)，少数为adr型(6/99)。
为了解S基因突变的频率及分布，将S基因片段的测序结果以及由该段碱基序列推导出的氨基酸序列与GeneBank中的HBV参考株作对照，发现未经乙肝疫苗免疫的藏族居民HBVS基因序列每100个核苷酸置换的平均频数为2.36，提示HBVS基因相当保守。大部分的氨基酸替换位于表面抗原a抗原决定簇的第一个茎环结构内，这与以前报道的自然突变多发生在第一个茎环结构内的结果相一致。另外发现所测样本存在T126N，G145R突变，以往的报道中这两种突变多为疫苗相关突变。在本研究中的这两种突变是经疫苗免疫人群产生的变异株的传入还是与疫苗无关的自然变异尚不能确定，需做进一步研究。
通过对选取的西藏和青海HBV样本全基因组序列测定后进行重组位点分析的结果发现，西藏和青海HBV基因型重组区域不同。西藏样本HBVC/D重组基因型的重组部位约在第40～1460位碱基区域；而青海样本HBVC/D重组基因型的重组部位约在第20～760位碱基区域。这些特定区域的基因型重组是否分别为西藏和青海藏族居民所特有，有待进一步扩大样本予以证实。
本研究初步确定了流行于西藏和青海藏族居民中HBV的基因型和血清亚型，以及基因变异的基本情况，为制定针对该地区的乙型肝炎预防控制策略和指导临床治疗提供了一定的参考依据。