大豆非特异性脂转运蛋白基因家族的全基因组鉴定及其进化和表达分析

来源 :中国科学院大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chenchenhao
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非特异性脂转运蛋白(non-specific lipid transfer proteins,nsLTPs)广泛存在于高等植物中,是植物生命活动中一类重要的活性蛋白。体外实验表明,nsLTPs能够可逆地结合和转运多种脂质分子,但其在植物体内确切的生理功能尚不清楚。对模式植物拟南芥研究表明,植物nsLTPs调节植物的生长发育,并在植物适应环境胁迫和抵抗病原微生物等方面具有重要作用。大豆是我国最重要的作物之一,大豆优异基因资源的发掘和利用是大豆分子育种的基础。本研究利用生物信息学和分子生物学等手段,通过寻找与GmLTPs基因可能连锁的QTLs、分析GmLTPs基因的时空表达模式和诱导表达模式、研究部分GmLTPs基因启动子的转录调控机制,进而确定这些GmLTPs基因的生物学功能,为大豆品种的遗传改良研究提供理论基础和重要的基因资源信息。  我们从大豆基因组数据库中鉴定了67个nsLTPs基因,命名为GmLTPs。根据蛋白序列同源性,将这些GmLTPs分为9类。绝大部分GmLTPs含有1个或2个外显子,内含子长度最短的为93 bp,最长的可达3200 bp;而它们的cDNA长度主要介于600 bp到1000 bp之间。序列比对显示这些GmLTPs蛋白序列中都含有8个保守的半胱氨酸残基,半胱氨酸残基之间的氨基酸数目在不同类别中存在差异。亚细胞定位预测表明,除了3个GmLTPs外,其余GmLTPs在序列的N端都含有分泌通路信号肽序列。大部分GmLTPs的信号肽序列长度介于20到30个氨基酸之间,少数GmLTPs的信号肽序列长度会超过40个氨基酸。成熟蛋白的分子量介于6.6-12.9 kD之间,等电点介于3.8-11.3之间。亚细胞定位表明,GmLTPs定位于细胞膜,与预测结果一致。  GmLTPs分布在17条染色体上,而Gm06、Gm13和Gm17三条染色体不含有GmLTPs。基因组定位表明这些GmLTPs在染色体上的分布并不是随机的,在Gm01、Gm03、Gm08、Gm09、Gm16和Gm18六条染色体上GmLTPs盼分布较多。共线性分析表明,全基因组复制事件(WGD)是GmLTPs家族成员扩张的主要方式。串联重复、近端重复和分散重复在GmLTPs家族扩张过程中也起到一定的作用。  根据Soybase数据库提供的大豆分子标记和QTLs信息,我们在63个GmLTPs的上下游2Mb基因组区域共搜索到97个分子标记位点,与332个QTLs相关联,这些QTLs控制了79个数量性状表型。这些数量性状表型主要与叶片性状(叶片的宽度、形状和面积)、根性状(根的形态发生、根的表面积、侧根缺失以及初生根的长度)、地上部外观(株高、分枝、节数目,节间长度、芽重和表皮毛密度)、种子性状(种子的成分、产量和发育成熟过程)、病原菌抗性、水胁迫以及抗倒伏相关,其中种子与病原菌抗性相关性状居多,推测GmL TPs基因可能参与生殖发育以及抵抗病原菌入侵过程。  根据种子发育基因网络数据库(Gene Networks in Seed Development)提供的大豆17个组织的RNAseq数据,我们对GmLTPs家族57个成员的表达模式进行等级聚类分析,结果显示9个GmL TPs主要在花器官中表达,15个GmLTPs主要在种子组织中表达,27个GmL TPs主要在营养器官中表达,6个GmLTPs在营养器官和生殖器官中均有表达。结果还表明,在近期全基因组重复中产生的GmLTPs旁系同源基因对,大部分具有相似的表达模式,而旁系同源基因分歧越早,基因表达差异越明显。为了进一步确定GmLTPs的表达模式,我们选取了大豆四个发育阶段15个组织样品,利用荧光定量PCR检测了61个GmLTPs在这些组织中的转录水平。结果显示大部分GmLTPs的表达趋势与RNAseq数据的分析结果基本一致。  我们分析了5个GmLTPs在植物激素(ABA、ET、MeJA和SA)和环境胁迫(PEG、NaCl、Cold和Wounding)处理下的表达模式。不同的GmL TPs对不同的诱导刺激呈现不同的应答模式。结果表明,SA和伤害处理对5个基因并没有明显的诱导作用,而其它处理只能诱导某些基因发生差异表达。在这些基因中,有的表现为快速激活,有的则需要长时间处理才能引起表达量变化。  我们克隆了15个GmLTPs的启动子并构建了ProGmLTPN∷GUS融合表达框。通过转基因拟南芥研究这些启动子的表达调控模式,结果表明这些启动子可以驱动GUS基因在顶端分生细胞、木质部细胞和裂区细胞中表达,并且GUS基因在幼嫩组织中比在衰老组织中的表达要强。我们还发现6个ProGmLTPN∷GUS融合表达框在花蕾期的花药中都有表达,推测这些基因可能和花粉发育相关。  本研究结果表明,GmLTPs家族的扩张是GmLTPs表达模式多样化的根本原因,而GmL TPs表达模式多样化在大豆发育和环境胁迫适应中起到重要作用。  
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