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新《刑事诉讼法》的修改,对于我国的指定居所监视居住这项制度重新完善,增加了检察机关允许对特别重大贿赂犯罪采取指定居所监视居住的相关条款,对检察机关来说也是一项全新的检察职能。新法不仅保留了监视居住制度,而且在原有的制度上做出了全新的塑造,很大程度上改善了原有的制度设计上的缺陷。但是,对于改造后的制度在社会各界中仍在存在这许多的担忧和疑虑。本文试图从检察机关为主体的角度切入,从理论层面和现实层面两个层面进行研究,一方面对指定居所监视居住的制度设计中存在的理论困境进行分析,发现其立法上的缺陷;另一方面选取W市检察院作为实证考察对象,具体实证考察了2013年刑诉法具体实施三年以来W市检察院适用指定居所监视居住的实践情况,找到其在适用指定居所监视居住过程中存在的一些现实困境以及导致这些困境的具体原因。最后,针对检察机关在适用指定居所监视居住中存在的理论困境和操作中存在的现实困境,笔者提出了一些对于如何完善对指定居所监视居住进行适用的一些宏观构想和可操作性建议。本文的正文分为四个部分。第一部分研究了指定居所监视居住的基础理论。主要研究了该制度的立法沿革,经历了存废之争,到现在最终保留下来;接下来探析了指定居所监视居住的法律属性,究竟是否属于羁押性的措施;最后对检察机关作为司法主体适用过程中体现出的功能意义进行了重点的探析。第二部分着重从法律条文出发,分析检察机关如何具体适用指定居所监视居住的制度设计。主要分析了刑诉法中第73条、74条以及最高检《规则》中的相关司法解释,具体包括了指定居所监视居住的适用范围,适用场所,检察部门的审批程序,关于指定居所监视居住中通知家属和折抵刑期等等问题。第三部分主要研究了检察机关适用指定居所监视居住制度在实践中出现的问题,以W市检察院的实际操作情况为例,分析研究得到,在检察机关适用的过程中,存在困境的原因包括有被异化的可能,成本过于高昂,审查监督不够等。第四部分是在前面及部分研究的基础上,对于如何完善方面,特别强调了树立保障人权理念的重要性,其必须作为其检察机关在决定采取指定居所监视居住时的基本原则。同时从立法完善和司法完善等角度,分别提出一些相关的构想和可操作性的建议。