2006-2007年狂犬病毒野毒株L基因3′端及聚合酶活性部位序列分析

• 作 者: 宋宏立
• 机 构: 广西大学
• 出 处: 广西大学
• 发表日期: 2008年期
• 关键词: 狂犬病毒 L基因3’端 聚合酶活性部位 序列分析

狂犬病是由狂犬病病毒所引起的一种烈性人兽共患传染病。近年来,广西狂犬病对人民的生命安全造成了严重的威胁。现在已经做了许多分子流行病学的研究,以便更好地了解狂犬病毒的进化。本研究对广西11株狂犬病毒L基因的3′端和聚合酶活性部位进行了克隆和序列分析。然后将所得序列和实验室保存毒株序列一起与国内外公开发表的狂犬固定毒、狂犬相关病毒的序列对应部分进行序列比较。结果表明,广西毒株之间同源性较高,3′端的核苷酸和氨基酸同源性分别为85.6%-100.0%和91.6%-100.0%,聚合酶活性部位的核苷酸和氨基酸同源性分别为88.8%-100.0%和97.5%-100.0%。与狂犬固定毒、狂犬相关病毒比较,3′端核苷酸和氨基酸同源性分别为67.5%-96.8%和70.4%-99.1%,聚合酶活性部位核苷酸和氨基酸同源性分别为76.8%-97.8%和94.0%-100.0%。分析氨基酸序列变异位点发现,3′端突变主要发生在2、17、19、48、73、74、136和161位点;聚合酶活性部位突变主要发生在49、63、72、108、136、145和157位,而且在117-122位点存在严格保守的核心序列“AQGDNQ”。对本研究野毒株的L基因3′端和聚合酶活性部位的序列分析结果表明,广西毒株之间亲缘关系近,与狂犬固定毒亲缘关系较远,与狂犬相关病毒最远。据遗传进化分析,所有广西毒株均属于基因Ⅰ型。本研究毒株在实验室保存毒株已经分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三个群的基础上可以划入已有群,具有一致性。其中GXQZD、GXHXB、GXLB和GXNND可以划入已包括GX08、GX09、GX014、GX091、GX195、GX260、GXHX、GXLA、GXWX和GXSL的Ⅰ群;GXYZD、GXLA11、GXLC9、GXLCC、GXNN2、GXPL和GXPXD可以划入已包括GX074、GX219、GX304、GXBM和GXPX的Ⅱ群;而Ⅲ群内仍只有GXN119,无新毒株划入。分析结果与N、G基因相符。