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本研究利用实验室已有的高巍通过原生质体单核化技术得到的金针菇单核菌株W23（交配型为A2B3）与L11(交配型为A1B1)为基础，二者杂交获得1123菌株。通过对三个菌株的菌丝体，以及1123菌株发育出的原基的转录组测序，结合本实验室的单核菌株L11以及W23的基因组测序数据，分析了可亲和菌株W23与L11的交配型基因的遗传学分子结构以及在不同生长发育时期的RNA水平的表达情况。将单核菌株W23，L11杂交得到杂交菌株1123。培养三个菌株的菌丝体并收集，与1123出菇实验所得到的原基样品送至深圳华大基因研究院（BGI），委托其进行RNA-Seq。对获得的四个样品的转录组数据分别以W23和L11为参考基因组，做了基因结构优化、表达注释、差异表达分析、新转录本预测以及可变剪接分析等生物信息学分析。本研究利用基因注释结果，以及将NCBI已公布的交配型相关基因与组装基因组同源比对，对同源片段补Gap，再次使用AUGUSTUS软件基因预测的方法结合，获得两株不同交配型菌株的A因子相关基因。W23菌株与L11菌株的A因子都包含两个亚单位matAa与matAb。两个菌株都获得了三个HD基因以及与之连锁的MIP基因。每个菌株都含有4个NLS和11个Di，但是其Di所在位置以及部分序列略有区别。转录组数据揭示了HD基因在不同生长发育时期转录水平的表达规律。总体表现为在单核菌丝时期表达量偏低，当质配为双核菌丝后，在双核菌丝内表达量升高明显，发育出原基后，表达量持平或下降。采用与寻找A因子相关基因类似的方法，找到两菌株的信息素受体基因。单核菌株W23与L11菌株都包含有两个有信息素前体基因配套的信息素受体基因，并经过分析具有7次跨膜螺旋结构。另外，在每个单核菌株中也都各发现5个类似信息素受体基因，经过分析，内含子数量以及跨膜结构不规律，重要的是没有信息素前体基因与之配套存在，这与担子菌的B位点结构特点有些不符，故认为这5个信息素受体在金针菇菌丝质配过程中没有交配型因子的作用。对信息素受体以及相近物种系统进化分析后，两个单核菌株的信息素受体被分布在不同的Group中，信息素受体的多态性合理解释了金针菇B因子的多态性。结合转录组数据对信息素受体以及信息素前体基因的表达分析显示了与HD基因类似的表达趋势。MAPK信号通路在菌丝质配过程中能起重要作用，我们结合基因组基因注释结果，初步构建了金针菇MAPK信号通路。