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本文从水生野生动物保护区的实际情况和共性出发，以生态学、环境科学、生态经济学为指导理论，探讨水生野生动物自然保护区规划方法和方案。本次研究中，应用层次分析法建立了水生野生动物自然保护区环境规划指标体系，并根据次序性规划的原则，将指标体系分为完全方案和简化方案。同时建立了水生野生动物自然保护区环境规划指标体系的PSR框架模型，将指标体系中各指标联系起来，成为动态的、系统的指标体系。在保护区环境功能区划研究中，采用了全新的“分类分级”式的区划方法，并针对系统复杂多样的开放式的水生野生动物自然保护区确定了“分类分级”式区划方法的区划条件和区划标准，提高了水生野生动物保护区环境功能区划的科学性和简易性。本次研究根据生态系统原理，将保护区视为一个完整的生态系统，并划分为四个子系统，以保护区中各个子系统之间的联动与互动关系为基础进行规划方案设计，各个规划方案之间存在联动或互动关系，使这个规划成为动态的、系统的和可持续发展的规划。