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本文对恒河猴组织发育中时空特异IncRNA的特征进行了研究。在哺乳动物中，发育的全基因组表达谱能够提供非常有用的研究信息。近几年来的研究表明一类新的长非编码RNA(lncRNA)能够非常有效的调控发育的主要生物学过程。在个研究中，我们使用二代测序的方法对恒河猴的四个组织（脑，结肠，肝和肺）多个发育阶段进行全基因组测序，并构建恒河猴在发育过程中的表达谱。研究结果显示，我们在每个组织中都识别出了时间特异的lncRNA和mRNA，这些lncRNA和mRNA显示出了不同的表达改变模式，包括缓慢上升，缓慢下降和先上升后下降的趋势等。不同组织中的时间特异的lncRNA和mRNA功能是和对应的组织相关的，脑中的lncRNA和mRNA功能大部分都富集到大脑相关的功能。值得注意的是时间特异的lncRNA能显示出更强的组织特异性的功能，在脑组织中，时间特异的lncRNA富集到了前脑发育，而时间特异的mRNA并没有富集到这个功能。有趣的是，对于相同的功能，时间特异的lnRNA和mRNA显示出相同或相反的表达模式，这就表明了时间特异的lncRNA和mRNA在发育过程中存在功能的协同作用。最终，我们在不同的组织和发育阶段一共识别了20个时空特异的共模块包含了101个lncRNA和609个mRNA。结果表明lncRNA在恒河猴的发育过程中通过和mRNA的协同发挥了重要的作用。基于这种时空特异的关系，我们开发了一个方法来预测时空特异的lncRNA的功能，并使用小鼠敲出数据进行了验证。我们的研究提供了时空特异的lncRNA并研究了这些lncRNA的功能谱。