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独立医学院合并目的之一在于加强医学人文教育，研究合并高校医学人文课程设置具有必要性和现实意义。
主要运用文献法、调查法与比较法进行研究。首先，对建国后到医学院校合并前夕独立医学院校的人文课程设置进行概述，指出存在课时量少、随意性大等问题，并分析了其原因，认为单科医学院校的设立造成的人文学科薄弱和发展受限等原因是其根源。对合并高校医学人文课程设置的现状进行了概述，总结了合并高校医学人文课程的基本特征，即课程类型上，从整体上看是由三大类别组成，以分科课程为主；课时安排上，大体上呈现三阶段分布雏形。分析了合并高校医学人文课程设置存在的问题，如没有协调好学科、社会、学生三者关系，跟国际医学教育标准存在鸿沟等；分析了造成这些问题的原因，如缺乏制度保障、传统医学课程模式的制约等。通过对合并高校医学人文课程设置的历史与现状的研究后，提出几点启示：加强课程理论的指导作用，结合医学特殊性，转变教育观念，深化医学教育改革，促进与国际医学教育标准的接轨和学习发达国家有益经验。接着，对发达国家的医学人文课程设置的情况进行概述，并将其与我国进行比较，提出几点启示：充分利用综合性大学多学科优势、课时安排合理、设置综合课程和核心课程模块、政府和社会组织引导和支持开设人文课程、重视医患关系课程和宗教课程。提出合并高校医学人文课程设置的构想：一是医学人文课程设置的原则，提出了综合性与关联性原则、协调性与整体性原则、适度性与实效性原则、探索性原则；二是几点具体建议，即正确处理“两课”与其他人文课程之间的关系，适当安排课时，开设基础性人文课程和设置核心人文课程模块，实现人文课程类型多样化、结构合理化，重视设置医学伦理学课程、医学哲学课程、医患关系课程，并提出人文课程设置优化改革的几点保障措施。最后通过个案研究，论证前面的研究，并对该校的具体问题进行分析，为其提供一定参考。