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南京作为国家级历史文化名城，自改革开放，尤其是1990年代以来，城市规模不断扩大，功能结构发生了深刻变化，古城面临前所未有的冲击。城市的大规模建设，开始大面积改变着古城几百年来形成的城市肌理与空间形态。在城市化的过程中，城市在发生剧烈的变化，如何协调变化与不变之间的空间形态关系，避免杂乱的空间秩序，如何合理解决城市功能的同时提高城市空间的品质是我们必须面对的严峻问题。带着这些问题，本论文重点通过分析城市肌理与城市微观物质空间的关系，解读南京的城市肌理特征，找出了孔洞的存在是南京城市肌理形态不清晰的主要原因，并且从人的感知层面，研究孔洞对城市微观的物质空间形态的影响，进而针对这类影响，提出一些城市设计的建议。
全文由四部分组成，第一章阐述了研究背景和研究对象，通过对城市形态的论述，揭示出城市肌理是城市形态的重要因素，同时确定了良好城市形态的标准，为后面的城市设计建议提供优秀的参照体系。第二章通过梳理城市肌理的概念、解读层次及其分类，来重新认识城市肌理，在这部分中通过对比解读国内外和南京老城的城市肌理，分析了城市基本肌理的特性，提出了孔洞的概念，并且发现南京老城及周边地区中孔洞的大量存在使得其肌理缺乏整体匀质的感知体验，这是南京城市形态混乱的原因之一。第三章针对南京老城及周边地区的孔洞，进行分类并对各类别一一加以论述，使人们对孔洞的现状和发展趋势建立起清晰的认识。第四章从人的感知角度，研究孔洞的存在对微观尺度城市空间形态的影响。重点对主要道路边的孔洞边缘展示面进行了调研，找出了孔洞对城市空间的影响；而后针对老城现有的城市空间问题，以第一章提出的良好城市形态为评判标准，提出相应的城市设计建议，并对新城的建设也有一些借鉴和值得关注的地方。