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随着我国要建设创新型国家的力度逐渐增强，科研活动也日益增多，高等学校科研项目规模也会越来越大。我国几十所高等农业院校中，绝大多数都承担着繁重的科研任务。在“十二五”期间，我国科研经费支出为国内生产总值的2.2%，较“十一五”期间上涨了0.4%，国家对科研经费的投入规模史无前例。高等农业院校的科研经费来源渠道日益多元化、复杂化，科研经费规模大幅度增长，传统的监管体制和监管手段已无法与之相适应。如何科学、合理、有效地加强科研经费监管，提高资金使用效益，确保科研工作协调、健康、可持续发展，已成为各高校的当务之急。本文在研究过程中，运用了逻辑思维方法，从分析到综合、从抽象到具体，采取了抽样调查法、文献研究法、个案研究法、统计分析法等具体的研究方法，逐步探索出适合高等农业院校科研经费管理研究与对策。本文共分为五章，第一章主要论述论文选题背景以及研究意义，以及国内外高校科研经费管理的研究现状，详细阐述了科研经费管理的相关概念界定及内容，说明了文章主要研究内容和研究方法；第二章，对高校科研经费资金的来源渠道分别从纵向、横向进行了分析，并以吉林农业大学为例，分析了“十一五”和“十二五”期间科研经费的变化比、科技成果转化及技术转让等，以中国农业大学为例，分析了各类科研经费的比重，同时对农业院校科研经费管理具有的复杂性、预测性、主观性及系统性等特征进行了详细的阐述；第三章，分析了高校科研经费管理机制，着重指出科研经费管理中存在的项目管理与经费管理相脱节、内部监管机制不完善、监管难度大，重大事项变更不报批、列支不合理支出等问题；第四章，针对提出的问题，分析了农业院校科研经费管理中存在问题的原因；第五章，阐述了高等农业院校科研经费管理应完善经费管理、预算管理机制和监管、绩效考核、激励等机制。从而得出了，在保障了基本的原则、制度和管理机制的前提下，加强科研经费管理的审计监管的必要性，特别是应完善间接成本补偿渠道和科研经费管理的激励机制及绩效机制。