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为了从分子水平对中国药用石斛及其混伪品进行鉴定，本文选取了核rDNAITS序列和叶绿体DNA的marK基因序列进行研究。采用改良的CTAB法提取石斛的基因组DNA，PCR产物直接测序法对17种(共32份)药用石斛的核糖体内转录间隔区ITS全序列进行测定，克隆测序法对12种(共22份)药用石斛的叶绿体的matK基因序列进行测定，运用BioEdit，MEGA4.0等生物软件分析了石斛属植物的rDNAITS序列及叶绿体的matK基因序列的特征，比较了石斛属间、种间、种内不同居群(品种)间的序列碱基差异及遗传距离，应用邻接法构建分子系统树。主要研究结果如下：
(1)建立了17种(共32份)药用石斛rDNAITS区碱基全序列数据库，其中，ITSl的长度为228～234bp，GC含量为45.7％～53.0％，变异位点167个，占总位点67.34％，信息位点106个，占总位点42.74％，ITS2长度为241～247bp，GC含量为44.8％～55.7％，变异位点165个，占总位点66.27％，信息位点115个，占总位点46.18％。
(2)建立了12种(共22份)药用石斛的叶绿体matK基因全序列数据库，叶绿体mark基因长1410bp，变异位点51个，信息位点11个。除了存在碱基替换的遗传变异外，还存在碱基的插入和缺失。
(3)通过ITS序列比较分析了各材料间的遗传距离和碱基差异，属间的遗传距离为0.295，石斛种间的平均遗传距离为0.142，碱基相差2～156个，种内各居群间的平均遗传距离为0.002，碱基相差1～2个。属间的遗传距离大于种间的遗传距离，种间的遗传距离大于种内不同居群(品种)问的遗传距离。
(4)根据分析石斛叶绿体的matK基因序列得到，外类群(密花石豆兰)与石斛属间最小遗传距离为0.027，石斛种间的平均遗传距离为0.008，种间最大的遗传距离0.014，最小的遗传距离为0.003，碱基相差8～20个。种内不同居群(品种)遗传距离为0.001，相差1～5个碱基。
(5)利用17种石斛的全序列数据库及遗传分析软件，通过对待检种rDNAITS区进行序列测定，成功地对10个待检种进行了鉴定，并且在原植物开花后得到了验证。
(6)运用12种石斛的matK基因全序列数据库及遗传分析软件，成功地对4个待检种进行了鉴定，同样在原植物开花后得到了验证。
(7)本文利用石斛的核糖体内转录间隔区ITS序列和叶绿体的matK基因序列数据库，分别构建了NJ树，外类群与石斛属间石斛种间以及种内不同居群(品种)间均能在NJ树中明显分化开来，二者构建的分子系统树一致，为石斛的分子鉴定提供了依据。