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系统地理学是一门新兴的，发展迅速的学科，是研究种内或近缘种之间的遗传分化与历史空间结构的关系的一门学科。在本文中，我们首先简要介绍了系统地理学的发展历史和基础理论根基；以及在淡水鱼类研究中的应用情况；并对该学科在未来的发展前景进行了简要的探讨。
我国幅员广阔，拥有多样的地理和气候环境，但在系统地理学方面的研究仍很少。青藏高原在第四纪的强烈隆升对云南西部地区产生了重要的影响，改变了该地区的地形地貌，尤其是彻底改变了该地区的河流水系的组成。但是，到目前为止，仍没有从系统地理学角度的研究来探讨这些河流的变迁是如何影响该地区鱼类的遗传结构。因此，在本文中，我们选取分布在澜沧江和元江两大水系中下游地区的云南四须鲃巴和丽色低线鱲两个物种分别进行了系统地理学研究。
本研究测定了来自云南地区17个采样点的304个个体的云南四须鳃的线粒体D—loop区全序列和其中16个个体的线粒体Cyt b全序列，来调查云南四须鲃的系统地理结构；为了弄清楚后鳍四须鲃与云南四须鲃的系统发育关系，也测定了怒江水系1个采样点的5个个体的后鳍四须鲃的线粒体D—loop区全序列和线粒体Cytb全序列，并将遗传数据与几何形态数值法结合来探讨云南四须鲃与后鳍四须鲃的分类问题。系统发育分析显示，在所有个体中共检测到5个主要世系，且5个世系间存在着显著的遗传分化。在这5个世系中，LC-A和LC-B分布于澜沧江水系，YJ和LX分布于元江水系，B.opisthoptera分布于怒江水系，提示长期的地理隔离是云南四须鲃在三大水系产生遗传分化的主要原因。根据估算的5个世系的分歧年代也大致代表了怒江、澜沧江和元江三大水系的分隔时间，它们的分隔年代与这3大水系形成的时间基本一致。世系LX的分化可能是生境片段化的结果。澜沧江水系的两个世系是异域分化的结果。根据线粒体数据和几何形态数值的数据结果一致说明后鳍四须鲃不是一个有效的物种，而应是云南四须鲃的一个世系。
在本研究中还测定了来自云南地区9个采样点的103个个体的丽色低线鱲的线粒体D—loop区660 bp和线粒体CO1基因的531 bp的序列，来分析其系统地理结构。在丽色低线鱲中发现了3个显著分化的世系，Clade A和Clade B分布于澜沧江水系，Clade C分布于李仙江的支流中。丽色低线鱲3个世系的分歧年代大致为1.0-2.2百万年，提示这3个世系先经历了群体扩散过程，然后才经历了种群分化的过程。根据Clade A和Clade C的分歧年代，可以推断，在水系分隔之前，澜沧江水系的鱼类与李仙江的鱼类是通过无量山南部的营盘山地区进行基因交流的。澜沧江水系两个世系的分化是异域分化的结果。通过对3个世系的群体历史分析发现3个世系都经历了群体扩张事件。对云南四须鲃和丽色低线鱲的系统地理学比较研究表明这两个物种的世系分化过程是对相同的地质历史事件和气候波动事件产生了相同的反应。
另外，本文对四须鲃属中的8个物种，鲃亚科其它6个属的14个物种和野鲮亚科的2个物种的线粒体D—loop区全序列和线粒体Cyt b基因的全序列进行了测定，并从GenBank上下载了鲃亚科的8个物种的序列，进行系统发育分析。根据系统发育分析结果，四须鲃属是一个多系群。本研究所用的8个物种分为3个枝系，CladeⅠ包含了云南四须鲃；CladeⅡ包含了大鳞四须鲃，高体四须鲃和爪哇四须鲃（B.gonionotus）；CladeⅢ包含了保山四须鲃，异口四须鲃，中国结鱼和软鳍四须鲃。CladeⅢ是鲃亚科中较原始的类群。高体四须鲃和大鳞四须鲃应是两个独立的种，与陈小勇的结论不同。宽头四须鲃的系统位置提示它可能不属于鲃亚科，但仍需进一步的研究来确定其系统位置。