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目的:肝细胞癌(HCC)已成为中国最常见的恶性肿瘤之一。近年来，肝癌研究已取得了显著的成果，特别是在基因水平上的研究。然而，由于肝癌发病机制的复杂性，其研究进展仍然十分有限。5-氮杂-2-脱氧胞苷(AZA)是一种DNA甲基化抑制剂，目前不仅用于血液恶性肿瘤的治疗，如急性白血病、骨髓增生异常综合征等，也可用于其他实体肿瘤的治疗。反义RNA是一种普遍存在的内源性调节RNA。它是第一个被发现具有抑制功能的RNA分子。研究发现其功能不仅与转录后调控有关，而且与转录水平调控相关，包括表观遗传调控，如DNA甲基化和组蛋白修饰。转录水平调控主要是由转录抑制和染色质重塑引起的，转录后调控主要与RNA的相互作用有关。反义RNA在各种生理和病理过程中起着重要的调节作用，如器官发生、细胞分化和疾病进展等。大多数基因可以转录反义RNA。一些研究证实，老鼠和人类有大量反义转录本。几个实验室已建立的方法筛选反义RNA，如Quere等应用高通量SAGE结合生物信息学识别反义RNA。基因组转录子的生物信息学分析发现，异常反义RNAs会影响基因的正常表达。例如，p15反义RNA可通过影响DNA甲基化和组蛋白修饰，抑制p15基因的表达。 方法:我们首先构建双链cDNA文库，然后从建立的双链cDNA文库中筛选出与肝癌相关的反义RNAs，并验证三个基因的反义RNA，最后，通过全长序列的cDNA末端扩增技术(RACE)的鉴定全长反义RNA序列。 结果:在已建立的双链cDNA的情况下选取3个基因进行验证，经过一系列实验，结果如下: (1)利用链特异性逆转录引物和PCR分析，确认MEF2D、CDK16、SMARCA4三个癌相关基因确实存在正反义RNA; (2)利用实时荧光定量PCR技术分析发现，DNA甲基化酶抑制剂AZA处理可显著降低癌相关基因MEF2D、CDK16、SMARCA4的表达(P＜0.05)，提高它们的反义RNA的表达(P＜0.01); (3)采用cDNA末端快速扩增技术获得MEF2D基因反义RNA全长序列; (4)用ORF finder软件对MEF2D基因反义RNA开放阅读框进行预测，发现此转录子没有明显开放阅读框。由此我们推断其可能是一个长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)。 结论:(1) MEF2D、CDK16、SMARCA4基因确实存在双链RNA且所选基因正反义RNA是反相关关系。 (2) DNA甲基化抑制剂AZA可能通过激活癌相关基因反义RNA从而下调癌相关基因起到抗癌作用。 此研究结果对揭示肝癌发生新机制以及癌症治疗均具有重要意义。