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反刍亚目是偶蹄目中最大的亚目，包括鼷鹿下目(鼷鹿科)和有角下目(叉角羚羊科、长颈鹿科、麝科、牛科和鹿科)。许多物种具有巨大的经济价值(如：牛，羊，鹿和麝，等)和重要的科学研究价值(如麂类动物)。对反刍动物进行细胞遗传学研究，不仅可以为动物遗传育种和驯化提供重要的理论依据和合理建议，也可以为生物演化等基础科学研究提供新的见解和理论阐释。种间染色体涂色可以快速、准确地检测物种间全基因组水平上的同源性，已经成为比较细胞遗传学研究的首选技术。通过构建物种间的染色体同源图谱，分析保守的同源染色体片段在不同物种、不同类群核型中的分布和排列方式，可以推导各类群可能的祖先核型并重建伴随物种形成所发生的基因组结构变化(包括染色体重排的类型、速率和核型演化的趋势等)，为系统发育关系研究提供重要的细胞遗传学证据。
本研究首次通过种间染色体涂色技术，利用小麂染色体特异探针，大规模建立了小麂与牛科、鹿科及长颈鹿科代表物种间的染色体同源关系，阐明了其核型演化中所发生的染色体重排，并以染色体重排为特征，构建了反刍动物各类群的核型系统发生树。结果表明：1)有角下目动物的共同祖先核型为2n=58，牛科2n=60的祖先核型和鹿科2n=70的祖先核型都由共同祖先核型经过染色体分离演化而来；2)与鹿科动物的核型相比，麝科动物与牛科动物的核型比较保守，更接近共同祖先的核型，二者共有更多的核型特征；3)在有角下目的绝大多数类群中，罗伯逊易位是导致核型多样化的主导染色体重排方式；鹿科的麂亚科是个例外，染色体间不断地串联融合使其核型发生了迅速而极端的变化，导致现生各种极大的核型差异；4)长颈鹿的核型演化较为复杂，除了广泛的罗伯逊易位外，还涉及到其它类型的染色体重排，如，着丝粒位置变化、串联融合及染色体内部倒位。现在，黄牛的基因组序列已拼接完毕，鹿、羊的基因组测序正在进行，本论文中构建的反刍动物间的染色体同源图谱有助于将已有的基因组序列信息向其它反刍动物转移。
2.麂属动物染色体演化研究
鹿科的麂属动物以快速的物种辐射、迅速而极端的核型演化和不断的新种发现成为染色体重排与物种形成研究的理想模型。已有的细胞遗传学研究证明麂属动物的祖先核型为2n=70，染色体间的串联融合是导致其核型迅速演化，染色体数目急剧降低的主要原因。但是，关于麂属动物核型演化，还有很多问题没有解决，如，黑麂、贡山麂、费氏麂核型演化中串联融合的类型没有确定，导致串联融合的分子机制依然不清楚。
本研究利用比较BAC定位技术首次构建小麂—黑麂、小麂—贡山麂、小麂—费氏麂、小麂—毛冠鹿染色体间的比较BAC图谱，研究结果丰富和发展了“串联融合假说”的内容，对麂属动物的核型演化提出了新的阐释：1)在毛冠鹿、黑麂、贡山麂和费氏麂的核型演化中所发生的串联融合均为着丝粒-端粒型融合；2)黑麂1p+4染色体的演化大体经历了三个步骤，主要涉及染色体易位和臂间倒位；1p+4的存在使雄性黑麂具有独特的X1X2Y1Y2Y3性染色体系统，1p+4可以看作新的Y染色体(neo-Y)，将是哺乳动物性染色体起源研究的理想模型；3)黑麂、贡山麂和费氏麂各自有独特而稳定的基因组结构和核型特征，支持它们各自为独立的种。此外，实验中筛选出的70个麂类着丝粒特异的或C5样的重复序列克隆将有助于研究麂类基因组中重复序列的类型、组成、结构、演化及导致串联融合频繁发生的分子机制。