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地方本科高校是我国高等教育大众化的主力军，随着知识经济的到来，在地方社会经济发展中扮演着越来越重要的角色。伴随着规模的扩张和管理权的下放，地方本科高校的办学质量和效益也越来越被社会所关注。为有效应对机遇和挑战，大部分地方本科高校都把深化内部管理体制改革放到了首要位置，而作为大学的核心-学科组织理所当然地成为了改革的焦点所在。
本文以地方本科高校学科组织结构作为研究对象，对地方本科高校学科组织结构的发展变迁进行了认真的梳理，指出了其存在的“学科组织设置范围过窄，不利于学科的综合和交叉；学科组织体制僵化、封闭，灵活性、开放性不足；教学、科研分离，缺乏有效的整合机制；行政权力和学术权力失衡，学科组织行政化；基层学科组织活力不足；资源分散，利用率低”等六个主要问题；又在科层制思想、矩阵结构、学院制和组织文化观点等大学组织理论的基础上，分析了“环境、规模、技术和功能的变化”等四个方面影响地方本科高校学科组织结构设计的主要因素，认为三元矩阵式学科组织结构比较适合地方本科高校。最后，研究提出“以校-院-系三级科层组织结构为基础、以实体的二级学院为管理重心、虚实结合的多样化横向学科组织和保证学科组织结构的开放性”是地方本科高校三元矩阵式学科组织结构的主要内容，并阐述了要充分发挥地方本科高校三元矩阵式学科组织结构的功能，还必须从“正确处理行政权力与学术权力的关系，强化学术权力；建设高水平的行政管理系统，提供高水平的管理服务；实现更大范围内的资源共享和建设高水平的学科组织文化”等四个方面建立起有效的运行机制。