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国内外研究经验表明，对于污染较为严重的湖泊生态系统，采取工程措施清除内源(主要是污染底泥)是湖泊污染治理应用最为有效的措施之一。然而，对水体自然生态系统，底泥疏浚是一各大规模的人为干扰行为；该工程的实施可改变水体底栖生物群落的结构及其物理生境，导致污染沉积物的再悬浮，扩散以及沉积物中营养盐和有毒物质的再释放等问题，从而对水体生态系统的稳定性和功能产生直接或潜在的负面影响。然而，由于湖泊生态系统的复杂性，至今，国内外尚无建立完善的底泥疏浚生态风险评价指标体系与评价方法。
通过天目湖清淤前后水体环境质量比较分析，水体中TN浓度下降了15％，TP浓度下降了40％，NH4-N下降了50％；浮游藻类的生物量和生物数量分别下降了51.3％和16.1％；表明底泥疏浚有效去除了表层污染物质，促进了水质条件的改善，为水体环境条件的改善和生态系统的恢复创造了条件。但清淤工程又对底泥生态系统的结构和功能存在深刻的负面影响，疏浚后天目湖生态系统能否恢复仍须进一步监测和研究。