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一些油藏微生物可以原油作为唯一碳源生长，其中的一些微生物在代谢过程中降解原油的部分组分，改变原油的流动性，从而提高残余油的采收率。这些微生物在提高石油采收率和石油污染治理中具有重要应用价值。目前，国内关于烷烃好氧降解途径中的关键酶基因——烷烃单加氧酶基因alkB和环境中烷烃降解菌的检测研究较少。对烷烃单加氧酶基因的研究可以为提高石油采收率，生物修复和生物催化提供理论依据。烷烃降解菌的检测则有助于石油勘测及评价环境中石油污染的程度。
根据相同种属的烷烃单加氧酶基因设计引物，从Rhodococcus erythropolisT7-2克隆到四个烷烃单加氧酶基因alkB1，alkB2，alkB3，alkB4，从G.stearothermophilus DM-2克隆到alkB2和alkB3基因，未得到全长的alkB1和alkB4基因。为了获得alkB两翼的全长序列，本文用TAIL-PCR的方法简单快速地克隆到DM-2四个完整的alkB基因及其侧翼序列，并详细分析了四个alkB基因域，四个alkB基因的启动子区域，以及alkB基因侧翼的辅酶，并为以后构建alkB基因的缺失载体提供基础。
alkB1基因下游为编码红素氧还蛋白的基因rubA1和rubA2及编码红素氧还蛋白还原酶的基因rubB。alkB2基因下游为编码rubA3和rubA4的基因。红素氧还蛋白和红素氧还蛋白还原酶组成了烷烃氧化途径中的电子传递系统。alkB3基因的上下游为编码未知功能蛋白的基因。alkB4基因的上游序列编码推定的乙酸水解酶家族蛋白，下游序列编码谷氨酰－tRNA合成酶。DM-2的四个alkB基因在Pseudomonas fluorescens KOB2Δ1和E.coli GEc137(pGEc47ΔB)中的功能互补实验证实四个基因均可以在Pseudomonas fluorescens KOB2Δ1(不能在C12-C16为唯一碳源的培养基中生长)得到互补表达，说明克隆到的四个基因为具有活性的烷烃单加氧酶基因。
对四个烷烃单加氧酶的蛋白序列分析表明四个烷烃单加氧酶属于跨膜蛋白，AlkB1和AlkB2有六个跨膜区，AlkB3和AlkB4有五个跨膜区，每个跨膜区均有22个氨基酸(AlkB4的两个跨膜区除外)。四个蛋白具有AlkB类烷烃单加氧酶保守区域的His-1，His-2，His-3和HYG四个组氨酸模序。
根据烷烃单加氧酶基因alkB保守区域设计不同的兼并引物，用兼并PCR从G. stearothermophilus DM-2，Rhodococcus erythropolis T7-2，Nocardia sp.32.29-1及Pseudomonas中克隆了alkB基因片段。对alkB基因片段和全长alkB基因进行了序列分析，同源性比较。比对结果表明不同alkB基因存在一定的差异；同属不同种的alkB基因序列相似性较高。因此，通过alkB基因保守区的兼并引物，可以快速准确地检测烷烃降解菌。