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多基因位点序列分析(MLSA)是一种基于序列信息的系统发育分析方法。它通过对几个不同基因的串联分析，确定生物体的分类地位并得到系统进化关系。在属以下分类单元的系统发育分析和分类中，这种方法展现出了比单独使用16s rRNA基因进行系统发育分析更强的优越性。近年来，这种方法被广泛用于原核生物的系统发育学研究。本论文将MLSA方法应用于拟诺卡氏菌科及假诺卡氏菌属的系统发育学分析，期望通过MLSA得到更真实的Nocardiopsaceae及Pseudonocardia的系统发育关系，并为大量Nocardiopsaceae及Pseudonocardia菌的鉴定建立一套各自适合的MLSA方法，达到准确、快速的目的。
拟诺卡氏菌科的系统发育分析选择了gyrB，sod和rpoB基因，同时结合16S rRNA基因。研究发现拟诺卡氏菌科gyrB，sod和rpoB基因的平均相似性明显低于16S rRNA基因，它们比16S rRNA具有更高的分歧度。比较基于不同基因的系统树发现，由gyrB基因得到的系统树拓扑结构与16S rRNA基因得到的结构在亚群上基本一致，而MLSA为此类群菌株的系统进化分析提供了很好的解决方法。假诺卡氏菌属的系统发育分析选择了gyrB、rpoB、fusa和lepA四种看家基因及16S rRNA基因，对每个基因序列进行了独立分析及串联分析，结果显示基于串联序列的系统发育分析能得到更理想的假诺卡氏菌属各菌株间的系统进化关系。