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大豆孢囊线虫(Soybean cyst nematode, SCN)是大豆作物的重要病害之一,具有丰富的田间种群。而有关大豆孢囊线虫不同生理小种与寄主互作机理差异研究仍十分缺乏。本研究通过分析3号和4号生理小种(Race 3和Race 4)与大豆高感品种中黄13互作阶段的转录水平差异来探讨大豆孢囊线虫不同小种对同一大豆寄主的应答差异。首先,为获得线虫实验材料建立了44个SCN单孢囊纯系,它们分别来自河北省廊坊市和吉林省哈尔滨市。分别对这2个虫源的各3个SCN单孢囊纯系进行生理小种鉴定。结果显示,河北省廊坊市虫源的3个SCN单孢囊纯系中有2个Race 4和1个Race 16,吉林省哈尔滨市来源的3个单孢囊纯系则包含2个Race 3和1个Race 4。这表明,这两个地点的SCN种群均为复合小种,并且其中Race 16在我国是首次报道。为明确从大豆根部分离SCN侵染后二龄幼虫J2s、J3s和J4雌虫的适宜时间点,以Race4单孢囊纯系为研究对象观测线虫在大豆中黄13中的发育进程。结果显示,SCN在大豆根内的生长发育不同步,分离侵染后J2s、J3s和J4雌虫的适宜时间分别为接种后5d (5 dpi)、7dpi和12 dpi。为克服微量线虫总RNA提取技术难题,以SCN为研究对象成功建立了微量线虫总RNA提取技术,可有效提取30头SCN侵染前J2s总RNA。最终,应用有限的线虫材料分别构建了SCN侵染后J2s、J3s和J4雌虫这3个典型的寄生期发育阶段共6个Race-enriched cDNA文库。在这6个文库中共发现689个候选的差异表达基因。通过qRT-PCR验证最终确定92个为Race 3和Race 4之间的差异表达基因,其中包括8个效应蛋白编码基因。随着线虫在根部中的发育,在Race 3和Race 4寄生阶段后期鉴定到更多的差异表达基因。对J3s和J4雌虫阶段发现的差异表达基因进行GO分析后发现,这些基因的功能主要涉及线虫的物质代谢。对其中13个基因在Race 3和Race 44个不同发育阶段的相对表达量进行分析后发现,它们的基因表达丰度在一个或多个龄期表现差异。对这13个基因进一步的发育表达分析显示,其中有6个基因的发育表达趋势在在这两个生理小种间存在差异,在SCN中首次观察到这一现象。在这些差异表达基因中,SCN效应蛋白CLE 2基因在Race 4 J4雌虫中的表达量显著高于Race 3 J4雌虫中的表达量。为进一步分析CLE 2在线虫与植物互作过程中的生物学功能,应用In planta RNAi技术分析了CLE 2基因下调表达对Race 3和Race 4在大豆自贡冬豆上繁殖能力的影响。实验结果显示,CLE 2基因表达沉默导致Race 3和Race 4平均单株孢囊数的减少。这表明CLE2在SCN与大豆寄主互作过程中具有十分重要的生物学功能。