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1998年到2000年，我国注册会计师行业进行了全面的脱钩改制。由于改制时间要求紧，工作难度大，章程、协议等多是在仓促之中完成，导致章程、协议不完善、出资比例不合理，随着时间的推移，矛盾日益显现，严重影响会计师事务所的生存和发展。此外，中国经济的进一步发展和世界经济的一体化发展，需要我们打造一批具备国际竞争力、能够提供多元化、多品种、内涵广、水平高的专业服务、能够承接国内国际高端业务的大型会计师事务所。而影响我国会计师事务所做大做强的最大障碍就是会计师事务所内部治理的缺失。因此，会计师事务所要健康发展、做大做强，就必须加强其内部治理。
研究会计师事务所的内部治理要借鉴公司治理的研究成果。公司治理理论强调公司所有权和所有者在公司治理中的主导作用；强调公司治理结构的相互制衡。研究会计师事务所的内部治理不仅要进行深入的理论探讨，还要广泛总结实践工作经验，并要以中国注册会计师协会制定的《会计师事务所内部治理指南》为指导。如何加强会计师事务所的内部治理呢？首先是改革会计师事务所组织形式，为加强事务所的内部治理奠定坚实的组织基础。其次是建立有效的事务所内部治理结构，制定行之有效的合伙协议或章程，特别是构建合理的股权结构、构建包括股东会、董事会和监事会在内的合理有效的治理构架。最后是建立完善的事务所内部治理机制，特别是公平合理的分配制度和严密系统的质量控制制度。公平合理的分配制度是事务所和谐发展、调动一切积极因素的保证，是有效内部治理的基础。此外，还要通过会计师事务所的文化建设，为事务所内部治理营造有利的文化环境。
总之，针对目前会计师事务所的合伙协议、章程不够规范，缺乏完善的规章制度，导致内部治理缺失的实际情况，为了事务所的健康发展和做大做强，要通过改革事务所的组织形式、构建合理的股权结构和相互制衡的内部组织机构、通过建立公平和理的分配制度和科学严谨的质量控制制度、通过建设事务所文化。从而达到加强会计师事务所内部治理的目标。
本文分为七个部分，第一章是绪论，主要介绍论文的背景、研究的意义及研究思路和研究方法，明确本论文的主要观点并说明其结构安排。第二章主要介绍与本论文研究相关的理论及文献。第三章主要是研究有利于内部治理的事务所的组织形式和治理构架。第四章主要是研究有关会计师事务所的内部治理机制及管理制度。第五章是关于会计师事务所内部治理文化的研究。第六章是案例分析，解剖股权过于集中情况下，会计师事务所内部治理存在的问题。第七章是全文总结及未来研究展望。
本论文的主要工作：研究会计师事务所的内部治理是注册会计师全行业关注的问题，也是我们每个会计师事务所在不断探索的问题。本文在总结十几年事务所的工作实践、借鉴了多篇公司治理及事务所内部治理的理论文献、研究分析了多家事务所成败案例的的基础上，通过研究事务所内部治理与其组织形式、股权结构、规章制度、文化建设的关系，提出了加强事务所内部治理的具体路径。主要创新点是：研究认为股权结构是事务所内部治理的核心问题，并提出有利于事务所内部治理的“梯形”股权结构和“(1+N)：5N”的股份比例计算公式；同时研究认为，制定股权进入与退出实施细则，有利于让志同道合者加入、志不同道不合者退出，对内部治理至关重要。并提出合理的股份转让价格以评估后净资产份额的80％比较合理，而新股东入股价在评估后净资产份额的120％——150％之间比较合理。