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中国种植转基因抗虫棉已经超过15年,为了解多年种植抗虫棉产生的影响,对中国黄河流域的河北省、河南省、山东省以及长江流域的湖北省、安徽省和江苏省进行田间调查以及农户访谈。调查发现Bt棉花对靶标害虫棉铃虫和红铃虫仍旧有效,但是很多地区种植抗虫棉5-8年后引起次生害虫以及棉花病害的爆发,这成为困扰农户的重要问题。调查还发现因为棉田周围存在大量天然庇护所,靶标害虫棉铃虫,红铃虫并未对抗虫棉的Bt基因产生明显抗性。但是近年一些非靶标刺吸式口器害虫逐渐发展成为新的棉花主要害虫,主要是棉蚜、盲蝽蟓和棉蓟马。然而各地区仍存在一定差异：例如长江流域的湖北省和安徽省受到斜纹夜蛾和甜菜夜蛾的威胁；黄河流域的河北省和山东省遭受盲蝽蟓和红蜘蛛的严重危害；而河南省近3-5年开始遭受粉虱类害虫的困扰。研究发现,棉花次生害虫种群的增长,导致农药施用量增加,这种变化逐渐抵消了因种植抗种植抗虫棉减少农药施用量的经济效益及环境效益,长江流域的湖北省以及江苏省甚至已经出现需要使用比常规棉更多的农药以防治盲蝽蟓、红蜘蛛等棉花害虫的情况。通过调查还发现,农户对抗虫棉的满意程度下降,相对于常规棉品种,种植转基因抗虫棉农药使用量小以及由此带来的棉花高产、整枝等田间管理要求低及籽棉品质好是棉农对抗虫棉比较满意的方面；种植抗虫棉化肥、种子成本高于常规棉则让棉农满意度下降。种植抗虫棉高成本不仅影响棉农对其满意程度,也减少其经济收益。调查结果显示,肥料费用以及治理棉花病虫害的费用成为制约种植抗虫棉经济收益的主要因素。