【摘 要】
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草鱼是我国一类重要的经济鱼类,但在养殖过程中,草鱼出血病病毒(呼肠孤病毒)导致了草鱼在养殖过程中大量的死亡。通过对草鱼的转录组数据分析可以从整体的角度去研究草鱼抵抗
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草鱼是我国一类重要的经济鱼类,但在养殖过程中,草鱼出血病病毒(呼肠孤病毒)导致了草鱼在养殖过程中大量的死亡。通过对草鱼的转录组数据分析可以从整体的角度去研究草鱼抵抗呼肠孤病毒的分子机理和生物进程。在本研究中,从NCBI下载了SRA099702的原始数据。并对原始数据进行了常规的转录组数据分析和共表达网络数据分析。本研究通过常规转录组数据分析(Tophat+HTSeq+DESeq),发现了50个极显著差异的基因。同时,共表达网络数据分析(Tophat+Cufflinks+WGCNA+Cytoscape)得到了84个极显著差异的基因。其中ISG15和sacsin-like在这些差异显著的基因中表达量呈上调。将两者的差异基因取交集后发现ISG15(类泛素化基因)在共表达网络中处于核心基因的地位。对两类差异基因进行KEGG的富集分析(KOBAS)后发现流感病毒A感染人类的信号通路与呼肠孤病毒感染草鱼的信号通路相似。通过荧光定量PCR和对另一组转录组数据(SRP049081)进行相同的分析(Tophat+IGV)后发现ISG15和sacsin-like均出现了表达量的上调。这些结果拓展了我们对草鱼脾脏抗呼肠孤病毒的理解,有助于从差异表达的基因中找到具有潜在相互作用的基因。
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