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中国位于亚洲大陆东部，山脉纵横、走势复杂。这些高大山脉形成了植物传播的通道或屏障，使中国成为许多植物类群的起源地、多样性中心和“避难所”。中国可划分为中国-日本森林植物亚区和中国-喜马拉雅森林植物亚区在内的共7个植物亚区。中国-日本森林植物亚区拥有北半球最为丰富的温带植物多样性，华中、华东和华南则是中国-日本森林植物亚区的核心。对这一地区中国特有树种的进化历史、遗传多样性和遗传结构开展研究具有深远的意义。本论文以分布于中国的2种水青冈属植物(属中国-日本植物亚区)为研究材料，利用微卫星标记对亮叶水青冈(Fagus lucida)做了遗传多样性及遗传结构方面的研究，并利用叶绿体DNA对长柄水青冈(Faguslongipetiolata)的谱系地理学进行了研究，得到以下结论：
1、亮叶水青冈植物遗传多样性及遗传结构研究
利用6个微卫星标记对中国特有种亮叶水青冈15个居群的遗传多样性及遗传结构进行了研究。结果表明，亮叶水青冈的遗传多样性水平非常高，居群间分化较弱。居群间存在广泛的基因交流，是导致风媒树种居群间分化较弱的原因。Mantel test分析表明遗传距离与地理距离存在显著的正相关，这意味着随着地理距离的增加，基因流减弱从而导致遗传距离加大。根据遗传距离所做的UPGMA拓扑结构暗示采样居群呈东西分化的趋势。综合各项遗传多样性参数比较，浙江百山祖居群拥有最高的遗传多样性水平，其次是福建武夷山居群。
2、长柄水青冈谱系地理学研究
利用2个叶绿体DNA非编码区序列分析了长柄水青冈20个居群134个个体，得到14个叶绿体单倍型。长柄水青冈的cpDNA单倍型多样性水平很高(HT=0.945)，居群间存在很大的遗传分化(Gst=0.918，Nst=0.941)，并存在显著的谱系地理结构(U=3.05，P＜0.01)。遗传多样性较高可能与进化历史有关，居群间遗传分化较高与低效的种子传播机制相关。由于H6及H9单倍型的地理分布跨度较大，不能排除长距离传播的可能性。单倍型谱系关系表明H3和H6为较古老的单倍型，其余单倍型皆是由这两个单倍型演化而来。嵌套分支分析表明长柄水青冈总体上表现为连续扩张模式，在局部地区存在有限基因流及邻域片段化效应。由于H3单倍型向西、向南及向东演化形成了5种单倍型，因此武陵山脉可能是长柄水青冈的散布通道。南岭、罗霄山脉一带具有丰富的单倍型，可能是长柄水青冈cpDNA单倍型多样化中心。在长柄水青冈进化历史上，可能存在至少两条迁移路线。第一条可能就是由武陵山脉向西、向南及向东扩张。第二条路线可能是从南岭、罗霄山脉一带向西、向南及向东扩张。第一条路线要早于第二条。浙江居群对华中及华南居群的形成没有贡献，可能是因为隔离造成的。四川盆地边缘居群可能是由华中贵州宽阔水居群演化形成。