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随着我国经济步入“新常态”时期，经济发展模式亦开始逐渐转变。过去粗放式的以牺牲环境为代价的传统发展模式已经不能适应时代需求，而以创新为驱动的新的发展模式将会成为主流。在这一过程中，都市圈是国家创新过程的巨大载体，也是一国竞争力的重要单元，高校、科研机构、企业、政府是创新型都市圈中的基本单位，也是最基本和最重要的创新主体，创新主体之间的协同作用是促进一个地区产生创新的不竭动力，因此，对创新型都市圈中创新主体协同的研究，具有重要的理论和现实意义。 本文首先回顾了与创新型都市圈和创新主体协同相关的理论，在现有的有关创新主体协同的理论之上，分析了创新型都市圈中创新主体协同的运行机制，以及这种机制对都市圈创新的影响。并选取了长三角地区作为研究对象，分析了长三角地区创新主体的现状以及主体协同的现状，考察了长三角地区的创新效率，发现效率指数较高。而后又建立了回归模型，考察了长三角都市圈内创新投入、创新产出之间的关系。结果发现，两省一市内各自的创新投入与产出之间呈现显著正相关关系，但是在建立了整个都市圈的固定回归模型，加入主体合作的指标后，发现主体合作并未对区域创新产出产生影响。虽然长三角地区的创新水平在全国处于领先地位，但是总体来说，创新型都市圈的建设也只是处于起步阶段，创新主体之间的关联性并不强，没有形成自发的协同合作，作为创新引导者的政府的作用也并未充分显现，创新配套设施服务落后，这些都束缚着区域内创新主体的合作。