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蛋白质组学深入的研究，使得快速、高效、高灵敏度的蛋白质分离分析技术成为国际、国内研究的热点，对蛋白质组学、生物化学及整个生命科学的发展具有十分重要的意义。
本论文采用ResourceTMRPC反相凝胶短柱，反相高效液相色谱(HPLC)对瑞氏木霉疏水蛋白HFBI粗提物进行初步分离研究，考察了流速、流动相梯度时间、离子对试剂、缓冲溶液pH等条件对分离的影响；经色谱条件优化，5分钟内实现了瑞氏木霉疏水蛋白HFBI的快速分离。结果表明，高效液相色谱法是分离纯化蛋白质非常有效的方法。
采用反相微柱液相色谱(μ-HPLC)，9分钟内成功分离了核糖核酸酶A、细胞色素C、溶菌酶和肌红蛋白四种蛋白质混合物。探讨了色谱固定相、反压、离子对试剂浓度和不同离子对试剂对μ-HPLC分离蛋白质的影响。结果表明，微柱液相色谱流动相、样品消耗少，可以使用较小颗粒的固定相，灵敏度高，是极具潜力的蛋白质微分离分析技术。
以1.5μmnon-poroussilicaC18柱为固定相，反相梯度加压毛细管电色谱(p-CEC)7.5分钟内快速、高效分离了核糖核酸酶A、细胞色素C、溶菌酶和肌红蛋白四种蛋白质。考察了离子对试剂、离子强度和电压对梯度p-CEC分离蛋白质的影响，并且比较了梯度加压毛细管电色谱(p-CEC)和微柱液相色谱(μ-HPLC)分离蛋白质的效果。结果表明，梯度p-CEC可以利用电压精细调节带电溶质的保留，提高分离选择性，缩短分离时间，为高效快速分离蛋白质开辟了新的途径，在蛋白质分离分析及蛋白质组学的研究中具有很大的应用潜力。