论文部分内容阅读
鸡传染性支气管炎(IB)是由鸡传染性支气管炎病毒(IBV)引起的一种鸡的急性、高度接触性传染病。现在已经在全球流行蔓延,给世界家禽养殖业带来极大的经济损失。由于禽传染性支气管炎病毒(IBV)频繁的基因点突变和重组,目前已经出现了许多不同的血清型和基因型毒株,并且它们之间缺乏交叉保护性或交叉保护性低,所以分析某地区流行的IBV的基因组结构特点,有助于IB的防控。先前研究证实,近年来四川IBV分离株基因型主要是LX4即QX-like型。从S1基因进化树分析推出Sczy3分离株属于QX型,但是Sczy3基因组的其他基因片段还未被测序。
本研究应用RT-PCR方法对Sczy3分离株基因组全序列进行测定,结果表明Sczy3分离株具有典型的禽状病毒基因序列特征5Cap-1a-1b-S-3a-3b-(E)-M-5a-5b-N-3’PolyA。Sczy3分离株基因组长27695bp,含有10个开放阅读框(ORF)。Gene1(复制转录酶)含有两个开放阅读框ORF1a和ORF1b,分别由11856和7959个核苷酸组成,编码3951个和2652个氨基酸;Gene2(纤突蛋白基因,S)含有一个开放阅读框由3498个核苷酸组成,编码1165个氨基酸,其中S1基因编码540个氨基酸。Gene3(辅助蛋白基因)包括三个开放阅读框ORF3a、ORF3b和ORF3c(E),分别编码57、62和108个氨基酸;Gene4(膜蛋白基因,M)一个开放阅读框,由678个核苷酸组成,编码225个氨基酸;Gene5(辅助蛋白基因)含三个开放阅读框ORF5a和ORF5b,分别编码65和82个氨基酸;Gene6(核衣壳蛋白基因,N)由1230个核苷酸组成,编码409个氨基酸。部分相邻基因间有重叠现象。Gene1和Gene2重叠110 nt,Gene2和Gene3重叠32 nt,Gene3和Gene4重叠114 nt,Gene5和Gene6重叠159 nt。
核酸序列同源性比较表明:Sczy3与参考毒株基因组序列同源性在86.1％～94.1％之间,与QX-like IBV有核苷酸同源性最高,与Mass型IBV核苷酸同源性最低。S蛋白裂解位点分析表明H-R-R-R-R不是中国分离毒株特有的裂解位点。
系统进化树分析显示,与LX4型IBV亲缘关系较近,与:Mass型Conn型IBV毒株亲缘关系很远。重组分析推测,Sczy3是一株嵌合IBV毒株,假定亲本毒株是LX4和H120。
综上所述,本实验课题为深入研究IBV在中国的演变特征,以及IBV的反向遗传学提供参考依据,同时也丰富了冠状病毒IBV的生物信息数据库。