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2007年7月1日起，《中国农民专业合作社法》正式实施。按照合作社法定义，新时期的农业合作社是在农村家庭承包经营基础上，同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织。利益分配机制是农业合作社运行机制中的核心制度，事关每个社员的经济利益以及是否体现合作社的核心价值。一个组织当中的分配制度，会产生一系列的连锁因果关系，即所谓的分配效应。另一方面，我国当前的农业合作社分配已经呈现出各种问题。因此，对农业合作社的收入分配制度进行研究具有重要的理论意义和现实意义。
本文首先对收入分配理论和近年来有关农业合作社的研究文献进行梳理，系绕考察了农业合作社分配制度的特征以及我国当前农业合作社的演化。这些工作的目的是澄清农业合作社质的规定性，指出“按交易额返还”和“资本报酬有限”是农业合作社的本质特征。丧失了这两个基本特征的农业合作社不是创新，而是异化。接着运用威廉姆森的交易规制结构理论，解释了农业中形成合作社这种统一治理结构的原因。“合作社+农户”是一种兼顾了公平和效率的前向一体化治理模式，具体表现为较低的违约率和保护了农户的利益。
文章重点分析了农业合作社特殊分配制度和特定分配比例形成的原因。通过专用性理论分析，指出农户进行农业生产面临着时间的专用性、产品的专用性、设施设备的专用性以及人力资本的专用性，而农业合作社的“按交易额返还”是一种保护农户生产环节专用性投资的有效装置。同时指出，按股分红一定程度上也保护了产后环节的专用性投资。通过专用性理论的进一步分析，发现专用性资产只是获取合作租金的依据，但面临着被敲竹杠的风险，因而对理解农业合作社分配制度存在局限，为此本文建立了“专用性一稀缺性”理论。这一理论可以分析，随着农产品、资金和技术这三种投入要素的稀缺性变化，专用性投资的保护面临着不同的情形。由此得出，明确分配比例的制度安排至少具有六大功能：激励了农户在农产品生产环节的专用性投资；激励农户参与到农业合作社的民主管理中去；降低了农户在农产品生产环节的不确定性；“资本报酬有限”兼顾了对产后专用性投资的保护，有利于加快农业合作社的发展；以法律和合作社章程的形式把分配的份额固定下来，降低了各分配参与者的谈判成本；政府的农业政策倾向，可以通过规定和变更“按交易返还”和“资本报酬”的各自比例来体现。
本文最后通过佛山市高明区杨梅丽堂蔬菜专业合作社的实证分析，验证了本文提出的“专用性一稀缺性”分析框架的合理性。本文最后还提出了一系列改进农业合作社分配制度的政策思考。这些思考主要包括：社会各界应早日对农业合作社分配制度形成正确的共识；政府要走出发展农业合作社重数量、轻规范的误区；修改和完善有关农民专业合作社法中关于盈余分配的条款；加强农业合作社理论人才的培养。