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随着工业化、城镇化的快速推进和人口的持续增长，水资源稀缺性急剧增强，社会用水需求差异化，用水主体多元化和用水竞争性的加剧，农业水资源低经济效益和高消耗比例使得农业用水比例不断缩减。同时，粗放的利用方式导致农业水资源存在短缺与浪费并存的矛盾现实。深刻反思农业水资源的利用水方式，实行农业水资源高效利用，己成为一个全球性的艰巨而紧迫的任务。因此，如何切实有效地利用有限的农业水资源来适度提高农业水资源利用率就成为当前社会经济发展的重大现实问题。本研究以农业水资源配置效率、生产效率及其关联性研究作为贯穿全文的主线。在新疆农业水资源短缺与浪费并存下，将新疆作为研究对象，以农业水资源利用的机理为分析框架，以农业水资源配置效率和生产效率的关系为切入点，对新疆农业水资源利用效率进行分析，并基于农业水资源利用效率的逻辑关系，从水价（基于市场的视角）、农业节水政策以及农业节水技术（基于政府的视角）这三方面对农业水资源利用效率的直接影响进行探讨，来寻求农业水资源利用的有效实现形式，从而实现提高农业水资源利用效率的最终目标。主要研究结论包括:（1）新疆农业水资源配置制度不完善，配置效率较低，区间差异较大。新疆农业水资源配置制度符合一般的配置制度的演进规律，不论是农业水权制度，农业水价制度还是农业水资源管理体制都逐步趋于合理化。但在演进过程中仍存在一定问题。农业水资源配置效率较低，区间差异较大。从时间演进来看，农业水资源配置效率呈现出“W”型循环波动的趋势，从空间分布来看，农业水资源配置效率在空间上的差异十分明显。自然条件，农业水资源灌溉制度以及农田水利设施投资这三分面对各地州农业水资源配置效率有一定的影响。（2）新疆农业水资源生产效率不容乐观。从时间上来看，农业水资源生产效率在2004～2010年呈现“W”循环往复的变化趋势；从空间上来看，新疆农业生产效率与农业水资源的生产效率得分排名并不一致，而且农业生产效率与农业水资源生产效率存在很大差异。自然气候因素、作物种植结构以及农业水资源稀缺程度这三面对农业水资源生产效率有一定影响。（3）新疆水价偏低，农业节水政策缺乏系统保障，农业节水技术应用与推广不顺，农业水资源利用效率普遍较低，区域间差异较大。在市场配置方面，水价过低，偏离农业水资源供求关系，难以发挥调节农业水资源利用效率的作用。在政策扶植方面，财政投入政策、补贴政策以及优惠鼓励政策方面缺乏系统性保障。在农业节水技术应用与推广方面，缺乏全面性与普及性，同时技术推广与应用主要依靠的还是财政投入和项目资金支持，从长远来看，这势必会影响到节水灌溉技术更加深入广泛的推广普及。由于这三方面存在一定问题，导致农业水资源利用效率较低。从时空上来看，农业水资源的利用效率与农业水资源利用配置的变动趋势一致，农业水资源的配置效率对农业水资源利用效率的高低起着主导性作用。