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肠道微生物与宿主健康息息相关。肠道内微生物的群落结构变化直接影响着宿主的健康和畜牧业的生产效率。断奶后仔猪的肠道菌群结构极不稳定,容易发生应激反应,严重时可导致腹泻和死亡。低剂量抗生素的长期使用能够降低断奶后仔猪的应激反应和腹泻率,提高生产效率,但是抗生素长期使用也具有潜在的危害,如抗生素残留、抗生素对肠道菌群及宿主健康的负面影响等,因此开发抗生素替代物意义重大。而无论是抗生素,还是抗生素替代物,肠道微生物都是其重要的作用靶点。抗生素替代物对肠道微生物的影响是评价其对抗生素替代作用的重要指标之一。肠道微生物种类繁多,肠道内容物组成复杂。总DNA的提取对于肠道微生物群落结构变化、肠道微生物多样性分析等相关研究至关重要。因此,在利用各种分子生物学技术研究肠道微生物时首先需要一种较为合适的总DNA提取方法。六神曲是由青蒿、辣蓼、苍耳、苦杏仁、赤小豆、麦麸和面粉按一定比例混合经自然发酵而成的曲剂,富含多种酶,如蛋白酶、淀粉酶和纤维素酶等,具有消食化积、健脾开胃、和中止泻等功能。益生菌具有维持肠道正常微生物菌群、提高免疫力、提高营养物质的消化吸收等功能。六神曲复合益生菌饲料添加剂具有益生菌、中草药和酶制剂三者共同的特性,作为抗生素替代物开发潜力巨大。本研究首次以松辽黑猪为研究对象,利用PCR-DGGE和实时定量PCR技术分析比较了5种提取方法的有效性,并在此基础上解析了六神曲复合益生菌饲料添加剂和抗生素对松辽黑猪仔猪生长性能及其盲肠微生物多样性的影响。主要结论如下:1、5种方法提取松辽黑猪仔猪盲肠内容物和粪便中总DNA的有效性明显不同采用5中不同的提取方法提取松辽黑猪仔猪盲肠内容物和粪便中总DNA,研究结果显示:QIAamp?DNA Stool Mini Kit提取得到的DNA纯度、得率和所反映的微生物多样性最高,更适合用于松辽黑猪盲肠内容物和粪便中总DNA提取及其微生物多样性分析。TIANamp Stool DNA Kit和SDS高盐提取法提取得到的DNA纯度、得率和所反映的微生物多样性较低;索莱宝粪便基因组DNA提取试剂盒和TZ裂解液提取法提取得到的DNA纯度和得率最差,微生物多样性最低,不适合用于肠道微生物总DNA提取。2、松辽黑猪仔猪盲肠内容物的微生物群落结构、组成与粪便中的差异明显采用同种方法提取同一仔猪的盲肠内容物和粪便中的总DNA,利用PCR-DGGE和实时定量PCR技术分析其微生物群落结构及组成,结果表明:盲肠内容物和粪便微生物群落结构不同,粪便中微生物丰富度高于盲肠内容物。盲肠内容物和粪便中微生物主要属于厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria);实时定量PCR结果表明:盲肠内容物和粪便中微生物群体数量存在差异。因此,在研究肠道微生物时,充分了解盲肠内容物和粪便中微生物群落结构的差异,对动物的防病和促生长具有指导意义。3、六神曲复合益生菌饲料添加剂可部分替代饲用抗生素本研究采用对比饲喂的方法,研究了不同饲料添加剂对仔猪生长性能的影响,研究结果显示:仔猪起始体重一致,但经过不同饲料添加剂饲喂49天后,不同处理组体重差异显著(p<0.05),抗生素组较对照组提高40.63%,六神曲组较对照组提高21.73%;不同处理组平均日增重差异显著(p<0.05),抗生素组是对照组的2.09倍,六神曲组是对照组的1.59倍;饲料转化率六神曲组和抗生素组高于对照组;六神曲组和抗生素组仔猪严重腹泻和死亡率低于对照组,且六神曲组没有仔猪死亡。六神曲复合益生菌饲料添加剂具有促进仔猪生长,提高仔猪平均日增重和饲料转化率,降低仔猪严重腹泻和死亡率,具有替代饲用抗生素的潜能。4、六神曲复合益生菌饲料添加剂可改善仔猪盲肠微生物组成不同饲料添加剂对盲肠微生物多样性的影响,研究结果显示:盲肠内容物和粘液层微生物组成和相对含量有差异。六神曲复合益生菌饲料添加剂能够提高仔猪盲肠中乳酸杆菌(Lactobacilli spp.),粪肠球菌(Enterococcus spp.)和嗜热链球菌(Streptococcus spp.)群体数量及厚壁菌门与拟杆菌门比例,降低肠杆菌科(Enterobacteriaceae)相对含量和大肠杆菌(Escherichia coli)群体数量,改善仔猪盲肠微生物组成、提高仔猪免疫力。