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黑麂（Muntiacus crinifrons）和小麂（Muntiacus reevesi）是我国特有的两种麂属动物。MHC由于与机体免疫能力之间的紧密相关性，使其在研究种群适应性进化等领域具有独特的优势。本研究在前期工作的基础上，根据已经获取的黑麂与小麂MHC-DQB基因多条cDNA全序列信息，利用特异性PCR或DNA walking方法分离相应座位exon2侧翼内含子序列，进而根据座位间内含子序列差异，设计单座位exon2特异性引物，并利用DQB基因单座位特异性引物开展群体遗传检测。 本研究主要内容包括：⑴共获得黑麂DQB基因4种不同的exon2侧翼内含子序列组合。其中根据Mucr-DQB3 cDNA序列获得的唯一完整intron1序列长1487 bp，而基于Mucr- DQB2 cDNA序列信息，在不同的样品中共获得了3种不同的完整intron1，序列长467-470bp。根据所获得的intron1序列差异进一步分离出相应座位的部分intron2序列，长206-493bp。如果每种 intron1-exon2-intron2序列组合对应一个表达座位，黑麂DQB基因至少存在3-4个表达的基因座位。值得指出的是，经反复设计引物在不同个体中验证，本实验所筛选的所有DQB单基因座均只存在于部分样品中。⑵根据小麂DQB基因cDNA序列信息，共分离出3种不同的exon2侧翼内含子组合。其中，基于Mure-DQB2 cDNA序列信息获得的部分intron1序列长368bp，相应的部分intron2序列长873 bp。基于小麂DQB1 cDNA序列信息，在不同的样品中获得了2中不同的intron1（1494-1496bp）-exon2-intron2（127-187bp）序列组合。如果每一种组合对应一个表达座位，小麂至少具有2-3个表达的DQB基因座位。⑶基于座位间内含子的序列差异，成功设计出了黑麂DQB3和DQB2（intron1-2-exon2-intron2-2）基因exon2单座位特异性引物。利用单座位特异性引物，对黑麂20个样品（宁国7个，黄山13）群体检测。Mucr-DQB3 exon2特异性引物仅从黄山4个样品中检测到1个等位基因，而对其它样品均未获得目标产物。Mucr-DQB2 exon2特异性引物在宁国7个和黄山2个样品中共检测到2个等位基因，同样对其它样品的扩增均未获得目标产物。在排除基因组DNA质量问题，以及经过反复设计引物和优化 PCR扩增条件下，推测，本实验所设计的MHC DQB单基因座位的表达存在个体间差异，即黑麂不同个体可能拥有不同的DQB基因座位。⑷基于座位间内含子的序列差异，成功设计出小麂Mure-DQB2基因exon2单座位特异性引物。对来自黄山和临安的32个样品进行了种群检测。结果显示，仅有14个样品能够获得稳定的扩增产物，共检测出3个不同的等位基因，但等位基因序列间仅有1-2个碱基差异。综合分析，推测小麂Mure-DQB2基因座位的表达也存在个体间差异，而且，该座位的等位基因多样性和序列变异相对较低。⑸分别利用邻接法和贝叶斯法重建了包括本实验获得的黑麂和小麂，以及牛、羊等其它偶蹄类DQB基因exon2等位基因间的系统发生关系。两种系统树均高度支持小麂DQB2的3个等位基因与牛BOLA-DQB5等位基因构成了一个独立的谱系，暗示Mure- DQB2与BOLA-DQB5享有共同的祖先，在DQB基因家族中具有特殊的进化地位。黑麂Mucr-DQB3和Mucr-DQB2的3个等位基因，分别与海南坡鹿不同的等位基因聚类，间接证明这些等位基因分属黑麂DQB不同的表达座位。黑麂和小麂DQB不同座位exon2等位基因在系统树上的分布，暗示跨物种进化是维持这两种动物DQB基因多态性的重要机制。