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排污行政许可制度属于环境行政许可的范畴，通过对排污单位排污行为的审查、监督，以确保污染管理活动的正常运行。实施排污行政许可制度的目标是改善环境质量，基础是控制污染物排放总量，主要内容是建立健全关于排污许可证的设定、发放、管理与监督等制度。虽然我国在一些领域里实施了排污行政许可制度，但效果不明显。在我国的排污行政许可制度中，主要推行的是水污染物排放许可证制度，关于大气污染物的排放许可制度尚处于研究和初试阶段，关于噪声污染排放许可制度的研究尚未启动。与一些发达国家和地区相比，我国的排污许可制度在法律地位、规范对象、制度基础、许可证种类与内容、实施与保障机制等方面都存在较大差距。虽然国内学者对环境行政许可研究甚多，但是对于排污行政许可制度的关注很少。由于目前我国对污染物排放管理的制度设置和相关法律规范不健全，排污标准的设定和管理体系不够科学，导致我国对排污行政许可制度的改革和研究速度缓慢。因此，我国必须要建立统一而完善的排污行政许可管理制度。本文采取历史对照分析和比较分析的研究方法，综合运用环境法学、行政法学、立法学和法理学的基本理论，对排污行政许可制度的理论和实践进行了分析，揭示其现实与不足，探讨其完善途径。本文对我国排污行政许可制度与相关制度的关系、排污行政许可制度的运行与功能等进行了深入分析，并围绕我国排污行政许可法律制度的变迁、相关法律规定、排污行政许可的实施机构以及实施意义等进行理论阐述。重点阐明我国排污行政许可制度存在的法律问题、成因和主要弊端，指出我国排污行政许可制度的设定依据缺乏系统性、规范性文件彼此冲突、管理模式和排污控制标准的选择缺乏科学性和前瞻性、排污许可证理论认识和制度设计存在明显的缺陷、对法律责任承担的主体的确定范围过于狭窄、信息公开和公众参与机制尚未制度化、缺少关于排污行政许可的撤销与撤回的明确规定。本文通过对发达国家和地区的排污许可制度的分析，指出完善我国排污行政许可制度的对策：统一排污行政许可制度的立法、明确排污行政许可制度的基本原则、重新确立排污控制标准、实施排污许可一证管理的措施、完善排污许可证的种类和内容、完善排污行政许可法律责任的法律规定、全面落实信息公开与公众参与制度。