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肿瘤浸润和转移与细胞外基质的降解有极其重要的关系。研究基质降解相关蛋白的结构，可以从分子水平上了解这些蛋白作用的机理，为先导药物的筛选提供结构平台，具有十分重要的意义。
本论文中，对与基质降解相关的尿激酶系统及跨膜丝氨酸蛋白酶matriptase等做了结构生物学方面研究。同时还结晶并解析人凝血因子八C2结构域一抑制剂复合物，表达纯化了SARS-CoV spike受体结合区。主要研究内容如下：
1.尿激酶受体的表达，纯化及结构分析
在果蝇S2细胞中成功表达可溶性尿激酶受体suPAR，纯化得到高纯度suPAR单体，解决了以往suPAR易聚集和降解的问题。对suPAR-ATF与suPAR-多肽结构的比较发现尿激酶受体配体结合口袋含有一个十分疏水的区域，ATF的结合隐蔽了这一区域，使其保持能量上的稳定。针对尿激酶受体结构上的这个特点，我们提出了尿激酶受体在尿激酶不存在时可能处于一种潜伏态的假说。
2.抗尿激酶受体抗体ATN-658 Fab的结晶及结构分析
抗尿激酶受体抗体ATN-658可检测肿瘤和降低肿瘤的生长及转移。得到ATN-658 Fab片段1，6 A的衍射数据，结构解析显示其为具有典型抗体结构。CDR区序列比对推测ATN-658可能通过竞争性地结合尿激酶受体，抑制整合素alpha-M与尿激酶受体的作用。
3.SFTI-1结构专一性研究
在毕赤酵母中表达了无需激活、无需脱糖基化的matriptase催化结构域蛋白(β-matriptase-N164Q)，得到其与苯甲咪复合物1.2 A高分辨率数据。结构分析发现在其122位半胱氨酸处结合着一个谷胱甘肽分子，解释了为何β-matriptase有游离半胱氨酸而不形成二聚体，同时推测matriptase较长的60loop区形成了位阻造成浸泡法无法得到β-matriptase-N164Q-SFTI-1复合物晶体。我们还得到了尿激酶催化结构域与SFTI-1复合物的晶体，以上这些工作为研究SFTI-1专一性奠定了很好的基础。
4.PAI-1与尿激酶复合物的表达，纯化及晶体生长
PAI-1可抑制tPA和uPA而成为纤溶酶水解的主要抑制剂。在大肠杆菌中我们高效表达了PAI-1，并纯化获得PAi-1-β-uPA-S195A复合物，结晶条件正在摸索中。
5.FactorⅧC2-抑制剂复合物的结构分析
得到factorⅧC2与三种抑制剂复合物的晶体，其中一种收集到1.15A。factorⅧC2结合小分子结合的氨基酸是典型的结合磷脂双分子层的氨基酸，说明了factorⅧC2上除原来预测的三个loop，还存在另一个loop(含Trp2313及Va12314)参与磷脂双分子层的结合。
6.SARS-CoV spike蛋白受体结合区的表达与纯化
利用果蝇表达系统，我们成功表达了SARS-CoV spike受体结合结构域，纯化得到纯度达95％以上的蛋白，为进一步的结晶工作奠定的基础。