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随着社会经济的发展,港口已不仅仅是运输网络中的枢组,而且成为了整个区域经济体系中重要环节。全球化的趋势就是各种资源在全球范围内的流动与共享,海运凭借着运量大、效率高、成本低的优势成为全球资源流动的支撑,因此港口就成为了资源配置的枢纽,对整合各种生产要素,发展各种产业集群具有重要作用。港口的运营效率是港口发展水平的重要体现,对港口效率进行测度分析,有利于港口判断自身效率水平,找出与先进港口的差距,提升港口资源的配置优化与核心竞争力,对于港口的发展具有重要意义。针对传统DEA(Data Envelopment Analysis, DEA)方法中的局限性和我国沿海港口所处的不同外在环境,采用三阶段级联DEA方法来测度所研究港口的相对效率。与传统DEA相比,三阶段级联DEA方法剔除了DEA模型中的随机误差和所研究港口各自的不同外在环境因素的影响。首先,应用原始的投入产出值测度出港口效率；其次,应用随机前沿分析法分析随机误差和环境变量对投入差额值的影响,并利用模型的反馈结果去调整投入值；最后,利用调整后的值重新进行DEA效率测度。通过整个系统分析过程提高了所研究港口的同质性,使得测度出的效率值更加客观准确,同时分析出不同环境因素对港口效率的影响。结果分析显示,剔除了影响港口效率的外在因素后,第一阶段效率值和第三阶段效率值存在一些差异,其中长三角港口群和珠三角港口群的变化范围较大,说明这两个港口群所处的环境要优于环渤海港口群和东南沿海港口群。在环境因素中港口的平均水深、腹地交通密度、在岗职工中高级职称比例等因素对港口效率具有正向作用,港口经济腹地GDP对港口效率的影响则不显著。运用本文提出的方法,对各港口的发展提出的相关建议,更具系统性、科学性和合理性。