论文部分内容阅读
目的最近的研究表明lncRNA与食管癌发病机制密切相关,因此筛选食管癌相关差异lncRNA,发现肿瘤相关标志物具有重要意义。本研究利用The Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库分析亚洲人食管鳞癌生存相关差异基因,并对筛选的lncRNA进行验证。方法从TCGA数据库和GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载食管鳞癌测序数据及临床信息,采用R语言筛选差异基因。将筛选出的差异lncRNA与亚洲食管鳞癌患者生存时间进行生存分析。对生存相关lncRNA进行靶基因预测和功能分析,并构建蛋白质互作网络。同时对TCGA数据库筛选出的差异lncRNA、miRNA、mRNA构建ceRNA网络,预测lncRNA-miRNA-mRNA间相互作用关系。并对筛选出的lncRNA通过实时定量PCR进行验证。MTT及划痕实验观察lncRNA PVT1对食管鳞癌细胞增殖及迁移的影响。结果TCGA数据库食管鳞癌测序数据共筛选出差异lncRNA 1160个,其中上调754个(65%),下调406个(35%);差异mRNA 2064个,上调868个(42%),下调1196个(58%);差异miRNA 69个,上调47个(68%),下调22个(32%)。将从TCGA数据库中筛选出的1160个差异lncRNA分别与GEO数据库中GSE89102和GSE97051两个食管鳞癌基因芯片数据集的差异lncRNA进行对比。筛选出26个TCGA与GEO共有的差异lncRNA。将这26个差异lncRNA与亚洲食管鳞癌患者生存时间进行生存分析,共筛选出3个lncRNA(AC009264.1、PGM5-AS1和LINC00460)和亚洲食管鳞癌患者生存显著相关。其中LINC00460和AC009264.1在食管鳞癌组织中高表达,PGM5-AS1低表达。LINC00460和患者生存呈正相关;AC009264.1和PGM5-AS1与患者的生存呈负相关。PCR结果表明,LINC00460和PVT1在食管鳞癌组织中表达升高(P<0.05),PGM5-AS1和LINC00261则表达降低(P<0.05);PVT1在食管鳞癌细胞系kyse450、EC109中高表达(P<0.05)。MTT及划痕实验结果表明PVT1促进kyse450、EC109细胞增殖及迁移。结论TCGA数据分析显示lncRNA AC009264.1、PGM5-AS1、LINC00460和亚洲食管鳞癌患者生存相关。在食管鳞癌组织中LINC00460和PVT1表达升高,PGM5-AS1和LINC00261表达降低;PVT1在食管鳞癌细胞系kyse450、EC109中高表达,PVT1促进kyse450、EC109细胞增殖及迁移。