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青梅(Vatica mangachapoi Blanco)是龙脑香科青梅属植物，是热带雨林和季雨林的建群种，在中国仅海南岛有分布，由于长期的人为砍伐利用，种群面积急剧缩小，处于渐危状况，已被列为国家二级保护植物。本文采用ISSR及AFLP两种分子标记检测了海南岛青梅7个自然居群192株个体的遗传多样性及遗传结构。研究结果如下：
(1)应用10条ISSR引物共扩增出清晰位点132个，其中多态性位点130个，多态性百分率(PPB)达98.48％。物种水平上，Neis基因多样性指数(H)为0.3391，Shannon多态性信息指数(I)为0.5095，总基因多样度(Ht)为0.3441．，反映了青梅物种水平上具有很高的遗传多样性。
(2)应用6对AFLP荧光引物扩增出位点777个，其中多态位点774，百分率为99.61％(774)。在种级水平上，观测等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为1.9961和1.4218；Neis基因多样性指数(H)为0.2661，Shannon多态性信息指数(I)为0.4204；总基因多样度(H<,t>)为0.2684，揭示了青梅居群存在很高的遗传多样性。
(3)应用AMOVA检测ISSR和AFLP两种分子标记数据，得出其Neis遗传分化系数(G<,st>)分别为0.3329和0.1980，即青梅的遗传变异主要存在于居群内的个体间，但亦产生了相当程度居群间遗传分化，UPGMA聚类分析结果也支持了这一结论，7个居群个体间的遗传多样性明显呈地域分布规律。
(4)在居群水平上，ISSR和AFLP的分析结果一致性较好，如ISSR的居群平均Neis基因多样性指数H和Shannon与多态性信息指数I分别0.2295和0.3429，而AFLP则为0.2153和0.3352，结果较一致。但各居群多样性高低排序存在较大差异。在物种水平上，根据Mantel对两者遗传一致性系数矩阵相关性的分析，两种标记的分析结果相关性极低(r<0.2，p=0.5658)，这可能是两种标记方法的所用引物及其长度和检测基因座位不同所至。
(5)总体上，同ISSR相比，AFLP更为灵敏，能够检测到青梅居群内个体间更多的遗传变异。
(6)两种标记的Mantel检测结果均表明，青梅的遗传距离与地理距离间没有显著的相关性(r<0.2)，地理隔离对青梅各自然居群间的基因流影响不明显。
(7)作为广布种，青梅遗传多样性高，适应性强，其种群规模的缩小，主要是历史人为因素造成，应加强就地保护、迁地保护及良种选育研究。