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土地承包经营权是农民的基本土地权利和集体土地的主要利用方式。2007年《物权法》颁布实施以后,土地承包经营权正式被确立为一种稳定的用益物权,如何为这种新型物权提供更为有力的保护具有重要研究价值。目前,我国城乡一体化进程不断加速,大量集体土地被征收。然而,鉴于土地征收制度不完善,以及承包经营权长效保护机制缺失等原因,普遍存在着侵犯土地承包经营权和侵害农民利益的现象,土地征收已然成为引发承包经营权纠纷的主要原因。因此,应当完善土地征收制度、约束征地权的行使、建立科学、合理的征地程序和监督机制,从而有效保护承包经营权。本文从理论分析到实证研究、从土地征收制度整体缺陷到承包经营权保护局部不足、从实体规定到程序构建,不同层面论述了土地征收中保护承包经营权的重要性及保护措施。文章共分四部分,主要内容如下：第一部分,理论研究。阐述土地承包经营权和土地征收的基本理论,并在此基础之上分析了土地征收对土地承包经营权的影响：一方面,土地征收强制剥夺了承包人的生产资料——土地,消灭了附着地上的土地承包经营权；另一方面,基于土地征收行为产生了征收方与承包人之间的征收补偿法律关系。第二部分,制度分析。根据基础理论研究,指出我国土地征收制度和土地承包经营权保护机制存在的主要问题。土地征收总体存在的问题包括滥用征地权、补偿范围过窄、缺少农地生态功能、征地程序不合理以及公众参与机制不健全等。在承包经营权保护方面存在的问题主要为缺少土地承包经营权独立法律地位和科学的征收补偿标准等。第三部分,实证研究。选取海南省具有代表性的部分市、县作为调查区域,对该区域土地征收和土地承包经营权保护的相关情况进行了调查。通过抽样调查,论证理论分析与实际情况的吻合度。调查结果显示,虽然部分问题与理论分析存在一定出入,但海南省土地征收中承包经营权保护存在的问题具有一定普适性。事实证明,土地征收已成为侵害土地承包经营权的主要表现形式。第四部分,制度构建与完善。探讨了如何完善土地征收中对土地承包经营权的保护。实体方面,提出应当约束征地权行使、扩大征收补偿范围,科学量化土地承包经营权征收补偿标准、拓宽土地征收补偿范围,以及增加对土地生态功能和承包经营权的单独补偿等。程序方面,提出了完善征地程序、构建承包人参与机制、赋予土地承包经营权人独立法律地位以及建立征地监督机制等措施。