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平藓科(Neekeraceae)是藓纲侧蒴双齿亚类、变齿藓目中的一个科，在世界范围内广泛分布，共有10属，100余种，其系统位置介于带藓科(Phyllogoniaceae)和船叶藓科(Lembophyllaceae)之间。1925年Brotherus将平藓科分为3个亚科：平藓亚科(Neckeroideae)、木藓亚科(Thamnioideae)和细齿藓亚科(Leptodontoideae)，后来发现细齿藓亚科与隐蒴藓科(Cryphacaceae)和白齿藓科(Leucodontaceae)的亲缘关系比平藓科更近，而将细齿藓亚科从平藓科中移出，成立独立的新科。这一系统关系曾被广泛接受，但由于该科的种类众多，配子体和孢子体形态、生活习性呈多样性，根据不同性状来研究其系统发育往往差异很大。目前，平藓科科及亚科，甚至属的界定都存在着很大的争议。随着分子生物学的发展，利用生物大分子数据，尤其是DNA序列分析，对研究和揭示植物的系统发育具有重要的意义。这使在充分利用形态学、解剖学和细胞生物学等已知各方面的证据基础上，进一步从分子水平揭示平藓科的系统发育成为可能。本研究测定了广义平藓科两个亚科及船叶藓科6属14种rDNA的ITS序列，将GeneBank上相关的两属ITS序列作为外类群，采用最大简约法(maximumparsimonymethod，MP)和邻接法(Neighbor-joiningmethod，NJ)对获得的序列进行分析，并构建分子系统树，探讨平藓科的系统发育关系。结果表明，平藓科是多系发育类群，平藓科与船叶藓科亲缘关系近。Brotherus系统中，平藓科明显分为两支，平藓科平藓属的绝大多数种属构成一个稳定的分支，而木藓亚科的木藓属、羽枝藓属和硬枝藓属则构成另外一支，这支持了Norris&Enroth以及吴鹏程的观点：木藓亚科独立成为木藓科；羽枝藓属与木藓属构成姐妹群，支持将羽枝藓属归入新成立的木藓科。树平藓属则成明显的多系性，分散在广义平藓科的两个分支里；扁枝藓与木藓亚科的木藓属和羽枝藓属构成单一分支，而扁枝藓属的另一种则与平藓属的大多数种类构成单系群，扁枝藓属在平藓科的系统位置需要进一步探讨。