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本论文包括三部分：
1.有鳞目动物线粒体基因组研究进展对有鳞目动物线粒体基因组的研究进展进行了综述。
2. 四种壁虎线粒体基因组全序列的测定及结构分析刁曼岛东虎Cnemaspis limi和横纹叶趾虎Phyllodactylus unctus，测得全部序列，长度分别为16610、16881 bD，尾疹残趾虎Phelsuma Iaticauda和无蹼壁虎Gekko swinhonis，因控制区部分有重复片段，所以未能测通。除刁曼岛东虎的tRNAThr缺失外，其他壁虎的基因排列顺序与与经典的脊椎动物线粒体基因组上的排列顺序完全一致，没有发现基因的移位和倒置。本文主要介绍了这几种壁虎的线粒体基因组全序列的测定及其分子生物学特征。
3.基于线粒体基因组全序列对有鳞目系统发生关系的讨论有鳞目内的几个大类群之间以及各个类群内部的系统发生关系仍然有着很大的争议。在此，我们把所测得的两种壁虎的线粒体序列与已发表的其他41种有鳞目动物的线粒体全序列，以及其它5种爬行动物的线粒体全序列结合起来讨论有鳞目中各大类群之间的系统发生关系。但是结果显示蛇类和端生齿类鬣蜥这两大支出现了严重的长枝吸引现象，我们认为在出现了严重的长枝吸引的情况下，进一步讨论系统发生树的结果意义不大。参考(Townsend et al，2004)用核基因与线粒体基因的结果，可能使用核基因结合一些形态学上的数据才能够对有鳞目的系统发生做一个比较有说服力的推断。