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论文应用协同学理论来研究供应链系统的协同管理问题，而复杂科学的研究方法正是研究系统协同过程复杂性问题的方法论基础。基于供应链系统的复杂性特征，将复杂科学的研究方法作为论文的研究方法，立足于复杂科学的视角，运用该方法进行论文的研究。
新经济时代的供应链是一个范围更广的企业结构模式，它以核心企业为盟主，将客户、研发中心、供货商、制造商、分销商、零售商、服务商等，按协同产品商务和双赢模式连成一种复杂庞大的网链结构。作者提出了“基于协同理论的供应链协同管理模型与方法研究”之命题，LV}I在揭示供应链系统协同运作的机理，研究具有实用性和.I.操作性的协同管理方法。通过对该领域国内外文献的归纳和分析发现，该命题的系统研究成果极为少见，是一个颇具开拓性的研究课题。
论文基于协同理论，结合本文的研究内容，构建了供应链协同的序列模型:序参量模型、自组织模型，协同力学模型。三个关联性模型依次展现了序参量的求解方式、自组织的产生原理，以及序参量对系统自组织程度(大小和方向)的影响，并通过实证分析演绎了序参量对系统的支配作用，从而揭示了供应链系统协同运作(自组织)的基本机理。山于口前该领域的资料归集体系还不健全，论文提出用“探索图”法进行求解，以突破了现阶段还无法量化求解序参量的障碍。同样山于口前或今后一段时间内，暂时无法得到企业供应链系统协同运作的具体数据，II采用演绎法对模型进行分析。本文从自组织程度毛的产生，导致“纵向一体化”组织方式的哀落，自组织程度毛的渐增，使得子系统运作趋于协同，自组织程度毛的发展方向，决定了子系统走向协同竞争状态等层面，来讨论供应链系统协同关系的演进。然后用实际中的案例，分析论文中的序参量:物流瓶颈、信息共享程度、合作伙伴的忠诚度等，对自组织程度毛的影响。这些都为模型的，时示性提供验证参照。三个模型将研究对象清晰化，最终归结成一个问题，即应采用子}一么样的“被组织”的手段，依据自组织的最优化规律来达成系统良性的协同发展。