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随着人类活动对生态系统干扰的加剧，全球变化受到越来越多的关注，主要表现在CO2浓度的增加、气温的升高、降水格局的改变、氮沉降的增多等方面。微生物作为元素生物地球化学循环过程的主要参与者与驱动者，是陆地生态系统中最活跃的组分之一，在维护生态系统功能中起到了重要作用。土壤微生物组成及其功能对环境变化敏感，响应迅速。目前对多种同时发生的全球变化因子对土壤微生物的交互作用的研究还很不够，且对于全球变化背景下地上植被和地下微生物相互作用及其内在机理的认识还没有普遍接受的结论。全球变化会改变植物凋落物和根系分泌物的数量和质量，从而影响微生物的群落结构。植物物种可以调节微生物群落对全球变化的响应。然而，人们对不同生长时期、不同产地的同一种植物对微生物群落的影响以及对微生物响应全球变化的介导作用尚知之甚少。因此研究微生物对全球变化的响应，对于预测生态系统功能的变化，制定合理的应对策略，保护和管理未来的生态系统十分必要。 本研究使用定量聚合酶链式反应(PCR)、末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)分析和克隆文库测序、高通量测序等分子生物学手段，对草地、农田和森林生态系统的土壤微生物进行了分析，探讨全球变化对微生物丰度、群落结构和多样性的直接和间接影响，找到驱动微生物变化的关键环境因子。主要研究内容与成果如下: (1)在内蒙古多伦温带草原野外控制实验站共采集了三个样地的土壤样品，主要研究多种全球变化因子对氨氧化和反硝化微生物的交互作用。三个样地分别为开始于2011年的四因子全球变化（CO2浓度升高、夜间增温、增雨、氮沉降）实验样地;开始于2005年的三因子（割草、氮添加和增雨）全球变化实验样地;开始于2005年的两因子（增温和增雨）全球变化实验样地。综合整理三个样地的结果发现，在微生物活性方面，长期增温显著降低了土壤呼吸，增雨减缓了增温对土壤呼吸的抑制作用。基因丰度方面，长期割草显著刺激了细菌16SrRNA的基因丰度，氨氧化细菌的丰度随着氮添加显著增加，随着增雨显著降低。群落结构方面，长期增雨显著影响土壤氨氧化细菌的群落结构，氮添加对土壤氨氧化细菌amoA和反硝化微生物nosZ的群落结构有显著的影响;气候变暖和增雨对细菌amoA的群落结构、增温和氮添加对nosZ群落结构有交互作用。冗余分析表明，古菌amoA的群落结构受到总氮、总碳的显著影响，而细菌amoA和nosZ的群落结构主要受土壤pH的影响。根据结构方程模型结果，全球变化通过改变微生物丰度和活性间接影响植物狰初级生产力，植物多样性与氨氧化细菌amoA群落结构显著相关，暗示着全球变化背景下植物和微生物之间存在着交互作用。总的来说，我们的研究（暗）预示着短期和单因素实验可能高估了全球变化对土壤微生物的影响。 (2)利用两种土壤（灰土和黑土）种植棉花，在全球变化（升高的CO2和温度）处理下，采集第一年开花期和收获期，第二年播种前和开花期共四个时期的土壤样品进行了土壤微生物变化的研究。利用高通量测序技术，研究了在植物不同发育阶段二氧化碳和温度升高对土壤细菌群落的影响。结果发现，不同土壤中，细菌群落对二氧化碳和温度升高的响应大小、方向有很大程度的不同，灰土比黑土的细菌群落对升高的CO2、温度和植物生长期更为敏感。灰土中，升高的CO2增加了土壤细菌的多样性;在黑土中，升高的CO2降低了细菌多样性。两种土壤中，暖化持续地促进了细菌的多样性。棉花不同生长期对土壤细菌多样性和群落组成有强烈的影响。四个时期相比，第二年播种前的土壤微生物对全球变化的响应最为显著，其次是开花期，对全球变化最不敏感的时期是收获期。这暗示着植物对于细菌群落对全球变化的响应有着很强的调节作用，植物生长活跃的时期，土壤细菌对全球变化响应较敏感。 (3)采用控制温度的温室，在一系列温度梯度(18，21.5，25，28.5，32和35.5℃)下，利用同一土壤培养不同产地（温带、亚热带和热带）的同一树种小叶桉。使用高通量测序和定量PCR方法研究细菌和真菌多样性、群落结构和丰度的变化。测定了关键的土壤功能包括微生物呼吸作用、酶活性和营养的可用性。总体而言，我们的研究结果表明，三种产地下的微生物和土壤功能对温度变化的响应相似，但产地的温度不同导致暖化的效应不同:相比于热带和亚热带产地，温带产地下的微生物的丰度和土壤功能受到了暖化的促进，暗示着温带产地的营养循环和植物生长在未来气候变暖的条件下是有利的。网络和线性识别分析显示在三种产地下，细菌和真菌群落沿温度梯度有显著的变化。不同产地的植物会调节土壤细菌组成及无机氮对温度变化的响应。土壤微生物群落与土壤功能显著相关，表明植物产地的变化导致的微生物群落的改变可能会影响土壤的功能。可见，即使是生态系统小的变化如植物产地的改变，都会影响土壤微生物和功能对全球变化的响应。