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拉萨裸裂尻鱼是西藏高原特有鱼类，在西藏雅鲁藏布江流域内广泛分布，具有极大的生态和经济价值。本研究首先利用转录组测序技术获得了丰富的转录组信息，经过生物信息分析，挖掘出大量的功能基因，同时对比分析了拉萨裸裂尻鱼体表有斑和无斑两种转录组信息的差异，最后发掘出大量的SSR位点，分析了SSR的特征，并进行了多态性引物设计筛选工作，获得的主要结论如下: 1.利用Illumina HiSeq测序平台分别对体表有斑和无斑拉萨裸裂尻鱼的皮肤、肌肉、鳍条、肝脏和肾脏的混合样品进行转录组测序，对原始测序数据过滤、拼接组装后获得对transcript671947条，平均长度为643bp，N50为993bp，N90为264bp;unigenes444530条，平均长度为817bp，N50为1228bp，N90为347bp。 2.对444530条unigenes进行功能注释和分类，182298条unigenes在Nr注释成功，占全部unigenes的41％，有30217(6.79％)条unigenes在所有数据库中都获得较好的注释;通过GO注释分类后分为3大类56中生物功能，注释在细胞过程生物功能最多;T类信号转导机制功能组在KOG分类中26个功能组中最大;KEGG分析为5大分支，32个小分支，231个通路。 3.通过对差异表达基因进行筛选，获得显著差异基因2453个，其中上调1268个，下调1185个;然后对这些基因进行GO富集和KEGG富集，得到了大量和免疫与疾病相关的生物学功能和代谢通路。 4.通过MISA软件对拉萨裸裂尻鱼转录组信息进行SSR位点查找，共检索到183556个SSR位点;双核苷酸重复类型的SSR最多，有85780个占44.4％;A/T重复基元类型最多有77206个，其次是AC/GT重复基元有55630个。 5.通过Primer3软件对183556个SSR位点进行引物批量设计，随机挑选60对引物在某一拉萨裸裂尻鱼基因组DNA进行PCR扩增，有45对引物成功扩增出条带，有效引物比率为75％，挑选29对条带单一明亮的引物进行多态性分析。 6.对29对引物在10条来自不同地点的拉萨裸裂尻鱼基因组DNA进行扩增，对扩增产物进行毛细管电泳，24对引物显示出多态性;这24个SSR位点具有等位基因数2-9个，均有5.7个;观测杂合度为0.3-1，平均观测杂合度为0.67;期望杂合度为0.255-0.820，平均期望杂合度为0.686;多态性信息含量0.222-0.827，平均值为0.645;24个SSR位点具有高度多态性，4个具中度多态性，1个低多态性。