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随着高效液相色谱技术和高精度质谱技术的发展，基于液相色谱的定量蛋白质组技术在变得越来越强有力的同时，对实验设计，实验优化也提出了更高的要求。目前，在定量蛋白质组研究中，如何能够有效的对体液和组织样本进行精确定量，还是一个仍在探索中的问题。在我们的工作中，针对不同的实验样品和目的，分别采用了iTRAQ标记定量，非标记定量结合选择反应监测实验，同位素标记的细胞内参定量的方法，建立起了能够在体液和组织样本中有效应用的定量蛋白质组流程，并通过这种方法比较了糖尿病样本和正常样本之间蛋白质组的差异。 在第一部分工作中，为了准确定量在正常人以及微量白蛋白尿病人尿液中蛋白质组的变化情况，我们使用了iTRAQ标记定量方法，通过将正常人和有不同尿白蛋白排泄率的2型糖尿病病人尿液用不同的质量标签标记，再混合到一起检测的策略，减少了不同浓度的白蛋白对样品鉴定和定量的影响。结合二维液相色谱分级技术，我们成功的建立起了一种简单快速的尿液蛋白质组标记定量方法，并在15个样品中鉴定到了524个蛋白质。通过对这些蛋白质的差异分析和功能注释，揭示了在微量白蛋白尿阳性病人尿液中主要发生变化的蛋白质及其生理意义，并提供了可能的糖尿病肾病生物标志物候选。 在第二部分工作中，我们在实验室前期利用整合一体柱串联质谱技术对尿液样本的检测结果基础上，利用最新的非标记定量方法，成功的在11个正常人和有不同尿白蛋白排泄率的2型糖尿病病人尿液样本中鉴定到了930个高可信的尿液蛋白质，在进一步的严格筛选中，更在蛋白质假阳性率降低到了0.7％的基础上定量到了588个蛋白质。更进一步的，我们建立起了在尿液中进行选择反应监测实验的方法，并验证了其精确性和重复性。最后通过统计学分析和文献检索，从非标记定量结果中选出了11个蛋白质，利用选择反应监测实验确认了定量的准确性，并同时在46个新的样本中对这些蛋白质进行了分析。既验证了部分己知的肾病生物标志物在糖尿病肾病中同样表现了差异，还发现了维生素K依赖蛋白质Z和扭转原肠胚形成同系物1两个未报道过的新的生物标志物候选。 在第三部分工作中，我们建立了一个使用了用同位素标记的细胞作为内参，对组织进行标记定量的策略。结合OFFGEL分级和高精度质谱检测，成功的在出生后4，9，12周的GK和Wistar大鼠肌肉中定量到了1333个蛋白质。通过对这些蛋白质的差异表达筛选和功能分析，结合同一个样本中mRNA表达量的数据，揭示了2型糖尿病发病过程中肌肉蛋白质组和转录组的变化情况，以及同肌肉中胰岛素抵抗有关的蛋白质和功能分类。同时还比较了蛋白质和mRNA在生长发育以及糖尿病发病过程中的相关性。